上个世纪三、四十年代,中国天主教会各教区在外国传教士的主持下,曾开办有一批教会学校和天主教大小修院。1949年新中国成立后,在外国对中国实行经济封锁的情况下,这些学校先后失去了国外的经济支持,无法继续维持。当时的中华人民共和国政务院文教委员会接管了教会所有向社会开放的教会学校,成为公办院校的一部分,与教会完全脱离了关系。天主教会所办的大小修院,终因教会内帝国主义分子对中国新政权所持对立态度和外国传教士的离去而相继停办。1962年,中国天主教爱国会第二次代表会议上,代表们曾建议建立一所完全由中国神职人员管理的全国性修院,并作出了筹建中国天主教神哲学院的决议,成立了神哲学院的董事会。后因“左”的思想干扰以及发生了“文化大革命”,这一决议在筹建过程中夭折了。
80年代开始,随着各地天主教堂陆续归还教会,各地教会都面临着原有中国教会神职人员队伍的老化问题,年轻神职人员的培养工作再一次提到了中国教会的面前。1980年中国天主教爱国会第三次代表会议暨中国天主教第一届代表会议再次通过了《关于筹办中国天主教神哲学院的决议》。《决议》说:“为了宣扬耶稣基督福音,继承宗徒传教事业,适应中国圣教会的需要,培养传教司铎和神哲学专业人才,会议决定开办中国天主教神哲学院,并责成中国天主教教务委员会筹办”。后来,各地教会认为一所全国性修院已不能满足中国教会对年轻司铎的需求。于是决定可由一个省(自治区、直辖市)或几个省(自治区、直辖市)联合开办一些修院。

中国天主教佘山修院
最早完成筹建并招生开课的是由上海、江苏、浙江、安徽三省一市教会联合举办的上海佘山修院。佘山修院于1982年10月11日正式开学,首批招收了34名修生入学。学制为六年,第一任院长为上海教区金鲁贤主教。后来,山东、福建和江西三省教会也参加了该修院的董事会,成为华东地区六省一市教会联合举办的修院。1985年,佘山修院进行了扩建。扩建后的修院位于上海市郊淀山湖风景区,占地1.33公顷,建筑总面积近5000平方米。截止到2000年,佘山修院先后共培养了200余位年轻神父,就读的修生有五个班级,110余位修生。并在上海市郊的青浦泰来桥和江苏省的苏州市设有两所分院。
由北京教区举办的北京天主教神哲学院于1982年11月2日开学,最初只有6名修生,现在面向山西、内蒙古、天津等地招生。学制为四至六年,院长为北京教区傅铁山主教。该修院曾三易院址,1999年,北京市政府拨款1500万元,帮助教区在北京海淀区东升乡征地1公顷,修建了建筑总面积为6700平方米的现代建筑。截止到2000年9月,修院共培养了70多名年轻司铎。
中国天主教神哲学院是惟一一所由中国天主教主教团直接管理的全国性天主教修院。1983年9月建成开学,学制六年,面向全中国招生,第一任院长为涂世华主教,第二任院长为宗怀德主教,现任院长为刘元仁主教。该修院曾多次搬迁,现院址在北京大兴区黄村,总建筑面积有19000平方米。根据规划,中国天主教神哲学院将是中国天主教的最高学府和神学研究中心,不仅担负着培养中国天主教会较高级人才的任务,而且也是中国天主教会神学研究的主要基地。自开办以来,中国天主教神哲学院共毕业了8届修生,有200余名修生已晋升神父。

中国天主教神哲学院是一所全国性的培养天主教爱国爱教神职人员的最高学府
中国天主教中南神哲学院为中国中南地区的河南省、湖南省、湖北省、广东省、广西壮族自治区和海南省6省区天主教会联合举办的修院,1983年10月建成,院址设在武汉市原天主教两湖总修院内,院长为董光清主教。截至1995年,已招收修生12届,约300余人,其中100余人晋升了神父。
根据中国天主教主教团修院教育委员会的统计,截至2000年7月,在全国范围内各地已开办大小修院36所,其中大修院(神哲学院)12所,包括全国性修院一所,即中国天主教神哲学院;地方联合举办的修院5所,有上海佘山修院、沈阳神哲学院、中南神哲学院、四川省神哲学院、西安神哲学院;由省(自治区、直辖市)教会举办的修院6所,有河北省天主教神哲学院、北京市天主教神哲学院、山东济南圣神修院、吉林省神哲学院、内蒙古神哲学院和山西省神哲学院。在读修生共有1900余名,已毕业修生中祝圣神父的1500余人。在这些年轻神父中,有的已被选圣为主教,成为教区的主要领导人。
为了学习与借鉴国外的神学思想与办教经验,弥补本身的不足,中国天主教修院教育采取了“走出去请进来”的方式,一方面每年派遣一些较优秀的年轻神职人员或修生到国外及香港等地区学习。截至1998年,全国各修院先后派出的青年神父、修生、修女、及教徒到美国、英国、法国、德国、意大利、比利时、菲律宾、韩国以及中国的香港地区学习的共有100余名,有的现在已经学成归来,成为各地教会的骨干力量或各神哲学院的骨干教师。另一方面,各地修院不定期的邀请一些海外神学家或教授到中国的修院来短期授课,或开专题讲座,近20年来,全国各修院先后邀请了来自美国、比利时、韩国、法国、加拿大以及中国香港和台湾的教授神学家讲学。1994年选派了中国7所大修院的15位负责管理修院的年轻神父赴比利时和法国修院学习管理工作,1996年选派10名修院任课神父去韩国三所修院进行交流。
此外,为全面提高神职人员和教会工作人员的神学、灵修、道德、文化和工作能力的素质,20世纪90年代以来,中国教会经常举办神职人员灵修培训班、神职人员牧灵培训班、爱国主义思想读书班、修院院长出国交流读书班、修女院负责人培训班、初学导师进修班、修院神师培训班、以及有关神职人员避静、灵修辅导和礼仪等讲座。