正是在上述的背景下各天主教修会纷纷返回中国。
以耶稣会为例。1814年，耶稣会在欧洲得到恢复后就着手准备重新进入中国传教。1840年，教宗格里高利十六世派遣南格禄、艾方济和李秀芳三位耶稣会神父到江南地区传教。1846年，道光皇帝弛禁谕旨颁布后，南格禄立刻与上海地方官员交涉收回教产事宜。由于城内老天主堂已经改作关帝庙，耶稣会得到了董家渡、洋泾浜和石皮弄等三块地皮。1861年在法国军队出面干预下，老天主堂的教产以及城内神父会院也一并归还给了耶稣会。徐家汇原是徐光启故乡，徐光启的后代中还有不少教徒，他们将徐家汇一些土地捐献给教会。1847年，耶稣会在徐家汇设立总院，上海耶稣会会长南格禄神父担任第一任会院院长。1851年和1853年，董家渡的主教座堂和徐家汇的天主教堂相继落成。19世纪，耶稣会先后在徐家汇地区建立了修院、藏书楼、自然博物馆（1869年）、天文台（1873年）、圣心报馆（1887年）、圣衣院、圣母院、善收院、育婴堂等。1890年，江南地区有665座天主教堂，77座小教堂，2所修院，1所培训中国神职人员的学校，1所孤儿院和20所育婴堂、1所医院。
耶稣会还致力于办学，仅徐家汇地区就先后办起徐汇公学、类思小学，招收天主教徒的学生，除天主教教理之外，还要学习儒家经典。到1856年，耶稣会在江南地区总共创办了78所各类学校，260名学生①。
遣使会在河南、蒙古、江西、浙江以及直隶部分地区发展教徒。在1860年期间乘英法联军侵占北京时恢复了北京天主教的活动。多明我会在福建，方济各会在湖南、湖北、山西、陕西和山东，巴黎外方传教会先在四川、云南和贵州传教后扩展到满洲、广西、广东、贵州、海南岛以及西藏都有教务。
9世纪下半叶是天主教修会派传教士到中国传教最为集中的时期，一些新成立的欧洲天主教修会也不甘落后。其中较有代表性的是圣母圣心会。1865年该会创始人南怀仁带领三名神父从比利时出发到中国传教，次年到达西湾子，接替遣使会在蒙古代牧区，开始了他们教牧工作。1878年他们进入甘肃、1884年进入新疆传教。随着传教范围的扩大，蒙古代牧区分为三个代牧主教区，有37名圣母圣心会的神父和9位中国神父常年奔波在这片地区。②到19世纪末有传教士112名，18名中国神父，在各堂口办起了男女学校，在西湾子还有一所专门培养中国神父的修院。
① 赖德烈：《中国基督教传教史》，第236页，麦克米伦出版社，1929年。
② 罗光主编：《天主教在华传教史集》，第188页，光启出版社等联合出版，1967年。
随着天主教修会入华传教，天主教在中国重新得到发展。到1858年，天主教的传教活动已经遍及全国各地。中国天主教徒人数持续上升。1870年，全国天主教徒人数为369411人①，1885年天主教徒的总数达到了558980，35名主教，453名外国传教士和273名本地神父。1890年的天主教徒为62万人，而到1897年为53万人，有欧洲传教士759人，中国神父409人②。
① 也有统计是404530人。
② 赖德烈：《中国基督教传教史》，第329页，麦克米伦出版社，1929年。
1984年天主教上海教区在为李思德、金鲁贤两位助理主教隆重举行祝圣主教典礼。
开始前，身着紫红色大礼服的主教们缓缓步入上海徐家汇大教堂
为适应中国天主教的发展，罗马教廷调整了宗座代牧区。1846年，天主教在中国划分为10教区，其中3个主教区：澳门、北京和南京，7个宗座代牧区，分别为陕西、山西、山东、湖广、江西、云南和香港。通常一个代牧区由同一个修会领导，各修会直接对罗马负责。
1870年，罗马召开梵蒂冈公会议，大多数中国代牧主教参加了会议，讨论在中国的传教问题。他们提出一个动议，将中国划分为五大传教区，日后在此基础上成立教省。1879年（光绪五年），传教区正式划分如下：第一传教区包括直隶、辽东、蒙古；第二传教区为山东、陕西、河南、甘肃；第三传教区为湖南、湖北、浙江、江西、江南；第四传教区为四川、云南、贵州、西藏；第五传教区为广东、广西、香港、福建。规定以后每五年每个传教区都要召开一次会议，其余传教区都派代表参加。1880年，五个传教区分别举行会议，主要是讨论教务，涉及到圣事的管理、培养中国司铎以及传教方法等问题。
罗马教廷划拨给中国教会的传教经费也有所增加，1867年为637000法郎，1882年为861000法郎。但是传教经费基本上占全部开支的一半，另外则由各修会或传教士本人筹集。相当一部分资金是在中国本地获得。许多修会所拥有的房地产，并不全部用于宗教场所，而是出租给当地人，经营收入则归该教会所有。特别是大城市如上海、天津以及四川等地的教会，房地产业的租金占了教会收入的相当份额。1877年华北发生饥荒，传教士把土地出租给不信教普通百姓，所得地租也就归教会所有了。
