在19世纪，近代天主教在枪炮的保护下获得某种畸形繁荣，但是教案的发生也日趋频繁、与中国社会的冲突也日趋剧烈。据统计，从1856年第二次鸦片战争后传教士得以进入中国内地传教，到1899年的40余年时间里，中国发生了大大小小1500多起教案。近代教案频发的原因主要是由于帝国主义国家利用传教活动进行侵略，激发了中国人民对于帝国主义仇恨和反抗。同时，一些传教士在中国土地上横行霸道，自觉充当帝国主义侵略中国的工具，他们窃取情报、霸占田地、掠夺财富、包揽词讼、欺压百姓。在遇到民教纠纷时，地方官员不敢开罪洋教士而作出有利于天主教教徒的判决。一些人为了能够打赢官司而匆匆领洗入教。因此民间有称天主教为“打官司教”，松江一带还流行着“不打官司不入教”的民谚。更有甚者，一些恶徒混迹在教友之中，他们在中国土地上横行不法，而传教士却一味包庇，从中生乱也就在所难免。
1856年的西林教案，系由巴黎外方传教会的马赖神父违反条约规定，擅自闯入内地引起。法国政府便以此为借口,与英国一起发动了第二次鸦片战争，结果在1858年《中法天津条约》后，张鸣凤被革职，永不叙用。外国传教士还取得深入内地传教并“在各省足买土地，建造自便”的特权。有的传教士在内地有恃无恐，横行不法，引起中国民众的对立和仇视，1861年的贵州青岩教案就是一个例子。当年4月，贵州代牧主教胡缚理接到法国公使转发的护照，以战胜者的姿态，乘花呢大轿，前呼后拥地见巡抚和提督，又在青岩强买民田，建造修道院和印刷所，引起公愤。巡抚何冠英、提督田兴恕向省内官吏联衔发出一封公函，号召驱逐天主教传教士。端午节时，群众焚毁晁家关修道院，杀死张如洋等4名天主教徒。胡缚理报法国公使，引发了一场外交冲突。第二年正月元宵节，开州夹沙群众按照习俗各户捐钱搭龙灯、祭龙神。法国教士文乃耳怂恿中国教徒抗缴捐费，知府戴鹿芝下令将文乃耳以及随从吴贞湘等四名中国教徒逮捕，凌迟处死。为此，胡缚理向法国使馆申诉。法国大使向清政府递交照会，提出将贵州巡抚韩超革职等一些列要求。经过交涉，清政府妥协，韩超交部议处，其余涉案官员发配新疆并赔款白银1.2万两。
四川也是教案发生较为频繁地区，其中以酉阳教案较为典型。1865年，张佩超、张玉光父子因对中国天主教徒欺压乡民愤恨之至，继而率众毁坏教堂，殴毙教士，张贴揭帖，号召“诛灭洋教，斩草除根。”1869年又因教民龙秀元逼迫非教民朱永泰退婚，以民团为一方，教民为另一方演变为一场大规模冲突。地方官勒令双方交出武器，民团全交，而教民未交。在华人司铎覃辅臣带领下杀死民团200人。清政府为息事宁人，竟赔给教会白银3万两，将民团首领正法，其他处以绞刑或者流放，而覃教士竟然与主教一同出国去了，其他杀伤平民、历年来奸掳烧杀首恶教民人等，虽定罪而不到案，结果不了了之。
不久长江流域也掀起反洋教风潮。反教揭帖在湖南省广泛传播：“凡我士农工商，务必敌忾同仇，群起报复。”接着安庆等地的教堂遭到冲击，反洋教事件一直波及到了扬州。最后，法国特使在两艘兵舰的保护下直驶汉口，另外一艘兵舰开往安庆，方使长江流域稍事平静。与此同时，贵州永宁、台湾凤山、江西贵溪、定南厅、庐陵、直隶永年、湖北天门、福建福州、漳浦、罗源，广东雷州等地都发生规模不等的教案。
正是在全国反洋教热情高涨之际又爆发了天津教案。1870年，法国教士在天津东门的“仁慈堂”收养中国弃婴或孤儿，并为之傅洗。当时抓住了一个迷拐小孩的嫌疑犯武兰珍，他招供受教堂门丁王三指使，白天外出迷拐小孩，迄今已经迷拐了7个小孩。于是教会迷拐小孩，挖眼制药的流言不胫而走，民情汹汹，街道上贴满了反教揭帖。
6月21日，天津道台周勋光、知府张光藻和知县刘杰带犯人武兰珍前往教堂，面见传教士谢福音。下午，围观群众与教堂中人发生口角，抛砖殴打。有5人向法国领事署理论，丰大业认为这是崇厚派兵保护不力，亲自前往崇厚衙门，神气凶悍，腰间带有洋枪两杆，秘书长西蒙手执利刃紧随在后①。丰大业到衙门后，无礼之至，拔剑击桌，冲着崇厚叫嚷“乱民要我的命，我要你死在我前面”。遂连发两枪，砍伤崇厚随员，将什物信手打破。这时门外聚集了数千名水火会群众，崇厚劝其暂勿外出。丰大业不听，说“我不怕中国百姓”。路上正好遇到知县刘杰从教堂回来，相向怒骂并且开枪，伤及刘杰随员，秘书西蒙也向百姓开枪两次。围观群众愤怒已极，将丰大业和西蒙二人殴毙，弃尸河中。随后鸣锣聚众，烧毁天主堂、仁慈堂、法国领事署，杀死传教士、商人以及中国教徒等。中国教士、教徒和教堂杂役也有被殴致死的，直到下午5时许方才散去，途中又将英美教堂数所拆毁。
① 中国第一历史档案馆：《清末教案》，第一卷，第776页，中华书局，1996年。
天津罗曼风格的天主教堂
这次教案中被杀者，有法籍传教士谢福音、使馆翻译官多玛三夫妇、法国商人沙尔昧松夫妇、俄国商人巴索福、博罗特颇颇福夫妇，仁慈堂的修女10人等，包括法、俄、比利时、意大利、爱尔兰等国籍，以及中外人士总共20余人。
天津教案发生后，英、美、法、比、俄、普、西等7国驻京公使于22日联衔照会弈，又将军舰开到天津海口和山东烟台，炫耀武力。崇厚于6月23日将天津教案经过报告清廷，清政府深感事态严重，于当天派遣曾国藩到天津查办。25日，同治谕令将崇厚、天津道台周家勋、天津知府张光藻、天津知县刘杰先行交部，分别议处。28日又谕令各省严防因天津教案而滋生事端。9月12日派李鸿章“迅速驰赴天津会同曾国藩、丁日昌、成林督饬承审各员……及早拟结”。
10月5日，同治皇帝颁旨，以“津民聚众滋事，不能设法防范，致匪徒乘机焚杀戕害多命，又未将凶犯赶紧拿获，情节较重。……张光藻、刘杰均著重发黑龙江效力。”①先后分两批处死参与暴力事件的20人，军徒25人。按照法国提出的要求，赔偿各国领事署、天主堂以及仁慈堂等的财物损失白银21万两，抚恤金白银25万两，派崇厚为特使赴法国道歉。
① 中国第一历史档案馆：《清末教案》，第一卷，第933页，中华书局，1996年。
天津教案是中国人民自发的一场反帝爱国运动，它大大鼓舞了全国人民的斗志。反洋教斗争绝没有因为封建统治阶级的残酷镇压而平息，相反更加激烈了。1873年春，川东主教范若瑟派遣教士张紫兰到黔江县购买民房，欲在当地办堂设教。8月，法国传教士余克林和中国教士戴明卿被百余名愤怒的中国百姓打死。法国政府提出赔偿，结果将两名为首的中国百姓处决，赔偿传教士4万法郎。但是，四川再次涌起了反教风潮，南充、营山、邻水、江北厅、内山、涪州等地相继发生焚毁教堂、教士和教民房屋的事件。
此后，山东、福建、广东、广西、西藏、云南、台湾、浙江、四川、安徽、江苏、湖南以及黑龙江等省，均多次发生规模不等的民教冲突，规模较大的有四川大足、安徽芜湖、山东巨野教案等。
清政府认识到民教冲突的严重性，总理衙门于1871年拟定了《传教章程》，因遭到欧洲各国拒绝而搁浅。1876年郭嵩焘、1892年李鸿章、1897年左都御史裕德提出各种建议，以图消弭民教冲突的发生，都未付诸实施。但是1899年（光绪二十五年），总理衙门制定了一套地方官接待传教士的章程。这种将教职和官职相提并论，对号入坐的做法本是封建王朝政治文化的一大奇观，而偏有一些传教士自该章程通行以后，还真的僭用地方官仪仗四处巡行。
对待列强和传教士，清政府是步步退让，礼待有加，而对待自己的百姓却完全是另外一套做法。每逢教案发生，“不分民教，但分良莠”的原则往往在执行中就变成了“不分良莠，但分民教”，残酷镇压，邀宠洋人，大大激化了民族矛盾。1894年，中日甲午战争爆发，中国战败，1895年4月《马关条约》签订，全国各地的爱国运动和反教浪潮再次掀起高潮。
1900年中国爆发了一场更大规模的自发的反帝爱国运动——义和团运动。义和团成员主要是农民、手工业者、普通群众和无业游民等，对西方列强入侵中国深恶痛绝，怀有强烈的爱国主义热情，提出“扶清灭洋”的口号，但是作为民间的秘密社团一分子，头脑中也充满盲目排外和迷信的思想。他们憎恨一切外国来的东西，其中自然包括天主教，把天灾人祸和社会危机归咎于洋教。义和团的反帝、反教情绪高涨，引起西方列强恐慌，于6月组成八国联军，由天津直扑北京；21日，清政府下令对各国宣战，鼓励义和团“御外侮”。义和团运动以燎原之势，由京津迅速蔓延到辽宁、黑龙江、云南、贵州、河北、山西、陕西、四川各地。
天主教在义和团运动中遭到沉重打击。据统计，天主教共有5名主教、31名欧洲神父、9名修女，中国天主教徒被杀人数愈3万①， 大约有四分之三的天主教教堂被损毁，很多地方教会组织几乎彻底摧毁了。
① 赖德烈：《中国基督教传教史》，第512页，麦克米伦出版社，1929年。
