南怀仁去世后，其他传教士继续在中国朝廷中发挥作用。1689年，中俄就北方勘定边界进行谈判时，耶稣会神父张诚和徐日升神父担任中方代表团的拉丁文翻译。俄方多次私下表示要两位神父为俄方出力，甚至希望在条约的拉丁文本中塞进“中国不在雅克萨建造任何房屋”等字样，但是遭到拒绝。1689年9月7日，中俄两国正式签订了一个完全平等的条约，就是《中俄尼布楚条约》，其间传教士也起到了一定的调解作用。对此康熙十分满意，他对传教士们说“和约得以缔结，实赖尔等之才智与努力，尔等为此事出力颇多”①。此后，徐日升、张诚、白晋、安多等被招至内廷，为康熙皇帝讲解量法、测算、天文、格致等西方学术并一连持续了好多年。
① 《徐日升日记》，转引自江文汉《明清间在华的天主教耶稣会士》，第77页， 知识出版社，1989年。
1693年，康熙患疟疾，张诚献上金鸡纳霜，不久即告痊愈，便赐地建造天主堂，即北京北堂。康熙两次亲临视察北堂，赐“万有真元”匾额，题对联：“无始无终，先作形声真主宰；宣仁宣义，聿昭拯济大权衡。”又御笔亲书“敬天”二字，悬挂在教堂里面。
对于天主教，清初的做法是允许传教士自由信教，至于是否可在中国老百姓中间传教，一直没有明确规定。传教士到内地传教，多以“居住”、“守坟”、“虔修”等名义去的。
情况终于发生了重大变化。康熙三十一年（1692年），康熙连下两道谕旨，礼部即奉旨依议：“……西洋人并无违法之事，反行禁止，实属不宜。相应将各处天主堂俱照旧存留；凡进香供奉之人仍许照常行走，不必禁止。俟命下之日，通行直隶各省。”这道被当时传教士欢呼为“期待已久的基督教宽容敕令”①，明确表示传教士可以在中国百姓中传播天主教教义，中国老百姓也可以领洗成为天主教徒了。这不能不说中国天主教发展历史上进入了一个重要发展阶段。
① J.洛克曼：《耶稣会士游记选（1698-1711）》，第2卷，第107页，伦敦，1743年。
20世纪初身着三品官服的天主教传教士
这一时期除耶稣会外，天主教其他个修会也纷纷进入中国传教。1626年、1629年，多明我会士分别在台湾基隆和淡水建堂，1630年同会的高奇进入福建顶头传教，1633年多明我会士黎玉范也随之来到福建。方济各会士利安当1650年又北上到山东济南传教，在那里建有一所教堂，有1500名中国教徒受洗。这些多明我会士和方济各会士常遭耶稣会士教友的冷遇和暗中阻挠，却也渐渐站稳了脚跟。1665年，多明我会已经拥有11所住院，20所教堂，近万名教徒，分布在浙江、福建和广东一带。
为从西班牙和葡萄牙政府夺回海外传教的领导权，罗马教廷实施了宗座代牧制度。宗座代牧享有与主教同等权力，但是以教宗名义行使职权，接受传信部领导。在保教权和宗座代牧的斗争中，法国出于自身利益站在了罗马教廷一边。1663年，法国成立巴黎外方传教会，作为创始人之一的陆方济于1684年抵达福建漳州后，即给全国教士发出一通牧函，称自己“总理中国教务①” ，要所有在华传教士到他面前宣誓，绝对遵守罗马颁布的任何诏谕，造成不少纷乱。所幸陆方济当年就死在福建，宣誓问题不了了之。
① 徐宗泽：《中国天主教传教史概论》（影印本），第229页，上海书店，1990年。
但是罗马坚持推行宗座代牧制度。1693年，它宣布中国分为十二个教区：三个主教区，即原先的南京、北京和澳门教区，把两广归属澳门教区，江南、河南归属南京教区，直隶、山东和辽东，以及九个宗座代牧区：云南、四川、浙江、江西、湖广、山西、陕西和贵州。罗马教廷之所以作出这一决定，据说是因为康熙一年前颁下的宽容谕旨，因而乐观地预计中国天主教将有一个大发展，增加教区的数量以便管理教务①。
① 赖德烈：《中国基督教传教史》，第125页，麦克米伦出版社，1929年。
这时，中国天主教本地化也取得了进展，产生了有史以来第一位中国籍主教罗文藻（1616—1691年）。罗文藻，福建福安人，1633年奉教领洗，随利安当等人到南京、北京等地传教。1650年入多明我会，1654年在马尼拉祝圣为神父。历狱期间罗文藻神父担负起了全国教务工作，授洗了两千多人。1674年，教宗克雷芒十世任命罗文藻为和巴西利亚（Basilea）主教和南京宗座代牧主教。因罗文藻在中国礼仪问题上接近于耶稣会的立场，多明我会菲律宾传教省会长嘉得朗拒绝为其祝圣，直到1685年罗文藻方在广州由意大利方济各会士伊大仁（1642—1721年）祝圣为主教。
罗文藻曾与伊大任主教联名上书罗马教廷，请准中国修士领受铎品，但被罗马教廷驳回。1688年，罗文藻祝圣了三名中国教友为神父。当中国礼仪之争甚嚣尘上时，罗文藻致信传信部，警告教廷对待中国礼仪要审慎，不能强迫禁止中国礼仪，否则中国教会有可能毁灭。1690年罗文藻又被任命为南京教区主教，因教务繁重，积劳成疾，于1691年2月27日去世。
在罗文藻祝圣的三名中国神父中，以吴渔山最为著名。吴渔山（1632－1718年），江苏常熟人，清末著名画家，大约在1675年受洗奉教，洗名西满·沙勿略。1688年被祝圣为神父后，在上海、嘉定等地传教凡30年。吴渔山在信德上相当虔诚，为后人留下了不少抒发宗教感情和反映传教生涯的诗篇。“但愿常年能健牧，朝往东南暮西北”、“渡浦渡浦莫迟误，来朝顾病浦西路。”①1 718年在上海去世，归葬南门外圣母堂耶稣会墓地，著《墨井诗抄》、《三巴集》、《墨井题跋》各一卷。后人辑有《墨井集》5卷。吴渔山还遗有《口铎》，为最早的中国神父讲道集②。
17、18世纪之间，中国天主教出现了繁荣发展的第一个高潮。1701年，全国有229座教堂，外国传教士103人，中国教徒也增加到30万。本地化进程取得重大突破。罗文藻成为历史上的第一位中国藉神父和主教。除耶稣会之外，其他修会如多明我会、方济各会以及巴黎外方传教会纷纷派遣传教士来华。罗马教廷实施了宗座代牧制度，加强了对在华传教活动的领导。汤若望和南怀仁等一批耶稣会士继续坚持并发扬了利玛窦“学术传教”传统。这些在科学上具有一技之长的传教士在为朝廷贡献才智的同时，也为中国天主教的传播创造了一个良好的社会条件，这促成了1692年康熙皇帝颁布旨意，传教士第一次正式获得公开传教自由。
① 转引自顾裕禄：《中国天主教的过去和现在》，第37页，上海社会科学院出版社，1989年。
② 同上书第37页。
