然而天主教的发展也非一帆风顺。从中国社会的外部环境看,中国朝野对于天主教仍存有戒备和疑虑心理。从天主教内部来看,在教务发展的同时酝酿着一场深刻的危机。当时在修会内部、修会与修会之间,对于中国的主流文化即儒家文化的宗教性在认识上产生分歧,逐渐演化为一场旷日持久的“中国礼仪”之争。对于这场将决定中国天主教命运的争论,罗马教廷的立场起先摇摆不定,继而又断然禁止中国天主教徒祭孔和祭祖等礼俗,最终导致清王朝的百年禁教。
礼仪之争集中在两个问题上。一是中国人的祭祖、祭孔活动,其性质究竟是宗教还是习俗。二是造物主应该用何种译名为好。争论从耶稣会内部展开,以利玛窦为首的一派否认祭祖、祭孔含有宗教成分,中国天主教徒也可以参加,当时通用的造物主译名“上帝”、“天”、“天主”等,可继续使用;以龙华民为首的一派则认为,此类仪式正是为基督教所反对的偶像崇拜,应当坚决拒绝。对于造物主的译名,则主张一律使用拉丁文音译,作陡斯(Deus)。1628年,中外耶稣会士在嘉定召开会议,在这个问题上达成一致:不把祭祖祭孔当成偶像崇拜,认为祭祖与十诫的“当孝敬父母”是一回事。

山东胡庄露德圣母堂是中国两大天主教圣地之一,现已修缮一新。
露德圣母堂坐落在山东省平阴县胡庄村以西的尖山山顶上,始建于1895年
1632年,方济各会士利安当和多明我会士黎玉范进入福建传教,礼仪之争在天主教各修会之间再度爆发。他们目睹当地祭祖和葬礼风俗之盛,为耶稣会士艾儒略神父允许中国教友进祠堂、入孔庙祭拜而震惊不已。黎玉范于1643年回到罗马,向教皇呈递了17项针对耶稣会的指控。于是罗马教廷于1645年9月12日宣布禁止用“上帝”称呼造物主、禁止中国教徒祭祖祭孔。罗马的命令引起在华耶稣会士的不安。1651年他们委派卫匡国(1614—1661年)专程赶赴罗马,向教廷圣职部提交报告。教宗亚历山大七世在1656年3月23日颁令,中国礼仪纯属文化活动,不是偶像崇拜,只要不违反天主教基本信仰,中国教徒可以按照自己的意愿决定是否参加祭孔祀祖的活动,可以和非基督教徒一同参加祭祀亡灵的活动,甚至可以在有迷信成分的仪式中参加助祭,只要他声明自己的信仰。
历狱期间被软禁在广州的传教士于1667年12月16日召开了“广州会议”,就涉及中国教务的42个问题作出决议,遵守教宗1656年有利于耶稣会的命令。除利安当和另外一名传教士外,所有与会者都在决议上签名表示同意。但是,在广州会议上签名同意的多明我会会长闵明我,潜往欧洲,指责中国礼仪为异端,攻击耶稣会士容忍中国礼仪的立场,再次挑起礼仪之争。
1687年,巴黎外方传教会的阎当被任命升为宗座代牧。他于1693年3月26日颁布一封牧函,严禁中国礼仪。但是,在华耶稣会士感到禁止中国礼仪将不利于传教事业,就在1692年派李明返回法国并到罗马为中国传教政策进行申述和辩解。当时欧洲各修会和学术界正掀起与耶稣会的大论战,在天主教会内部,有不少人反对耶稣会。因此巴黎大学的神学家1700年10月发表一份宣言,支持阎当,反对中国礼仪。
耶稣会士一边向罗马教廷辩解,一边也把欧洲发生礼仪之争的事捅到康熙那里。1700年11月19日,康熙表示赞同耶稣会在中国礼仪上的观点:“敬天及事君亲敬师长者,系天下通义,这就是无可改处”。

1997年12月24日圣诞夜,
北京天主教宣武门教堂举行望子夜弥撒,上千名教民在教堂一同欢度圣诞节
1704年11月20日,教宗克雷芒十一世批准圣职部决议,严禁中国教徒行中国礼仪并派多罗主教(1667—1710年)为特使,到中国来执行教令。这样,在礼仪之争问题上罗马教会同中国政府发生交涉并最终导致冲突。
康熙十分关注传教士在华的活动并将其看成内部事务,认为必须加以管束,便在1706年12月31日下了一道旨意:在中国传教的西洋教士必向内务府申请印票,写明不回欧洲,凡是拒绝领票者一律驱逐出境。到1715年,陆续有48名传教士领取了印票,其中耶稣会士29人,方济各会士9人①。对于这些传教士,康熙对他们多有安抚:“尔等有凭据,地方官晓得你们来历,百姓自然喜欢入教②。”
① 转引自顾裕禄:《中国天主教的过去和现在》,第72页,上海社会科学院出版社,1989年。
② 同上书第71页。

广西涠洲岛上的天主教堂,建于1869年,建筑面积1500平方米,教堂墙壁全用海滩岩砌成,
钟楼为哥特式建筑,雄伟壮观,现已成为中外游客观光游览的胜景之一
多罗在南京得知康熙旨意后就发布牧函,公布教宗关于中国礼仪的禁令。教宗克雷芒十一世又于1715年3月15日公布《自登基之日》(Ex illa die)通谕,对于多罗的牧函表示支持,要求所有在华传教士和神职人员在巡视员、宗座代牧或者主教面前宣誓坚决遵守。康熙获得教宗克雷芒十一世的禁约后,大为震怒,决定在中国全面禁止天主教。他在禁约上亲加朱批:“览此告示,只说得西洋人等小人,如何言得中国人之大理。况西洋人等,无一人通汉书者,说言议论,令人可笑者多。以后不必西洋人在中国行教,禁止可也,免得多事。”
此后,罗马教廷一直坚持严禁中国礼仪的立场。1742年,教宗本笃十四世(1740—1758年在位)发布一篇通谕《从上主圣意》,饬令在华传教士,严行禁止中国礼仪,违反者立即调回欧洲接受处罚。直到1942年罗马教廷方才解除执行了近250年的禁令,在中国礼仪问题上,回到了原先利玛窦等耶稣会传教士的立场上。
礼仪之争是中国天主教历史上的一件大事。它延续时间漫长、涉及范围广,并且造成了严重后果。罗马教廷禁止中国教徒参加祭祖祭孔的仪式,直接导致康熙晚年禁止天主教传播,此后雍正、乾隆、嘉庆和道光各朝历行禁教,时间长达百余年。尽管罗马教廷以后不断派遣传教士到中国内地传教,但是在全国范围内天主教传教活动基本上是处在非法的地下状态。
自1721年康熙全面禁止天主教到1858年咸丰在洋枪洋炮下准许自由传教为止共138年,这一时期的中国天主教可以用百年禁教概括。

17世纪40年代,西方传教士开始踏进上海,天主教和基督教各种派系的教堂建筑逐渐繁衍。
这是著名的徐家汇天主教堂。它是一座哥特式建筑