中国基督教三自爱国运动委员会和教务机构的建立健全，为其工作能顺利开展提供了保证。至今为止已建立的全国性或地方性的“基督教协会”和“三自爱国运动委员会”共1700多个。从1980年第三次全国会议以来，至2002年，中国基督教又召开了四次全国会议，分别为：1986年第四次全国会议；1991年12月第五次全国会议；1996年12月第六次全国会议；2002年5月第七次全国会议。第六次全国会议上选举罗冠宗为中国基督教三自委员会主席，韩文藻为中国基督教协会会长，丁光训任全国三自名誉主席和基协名誉会长。第七次全国会议选举季剑虹为中国基督教三自委员会主席，曹圣洁为中国基督教协会会长。
1980年10月，中国基督教第三届全国会议在南京举行
1980年10月，
全国三自机关刊物《天风》在停刊15年后复刊
为推动教会各方面工作的开展， 中国基督教三自爱国运动委员会和中国基督教协会（简称：基督教全国两会）还成立了各专门委员会，计有：教会治理委员会、自养推进委员会、自传研究委员会、神学教育委员会、圣经出版委员会、文字出版委员会、《天风》编辑委员会、农村教会工作委员会、海外联络委员会、圣乐委员会、妇女事工委员会和民族事工委员会等，各委员会在两会的领导下，开展了一系列工作，推进教会建设的全面开展。如圣经出版委员会多年来本着从教会实际需要出发，出版、发行了各种版本的《圣经》，至2002年底，累计出版的《圣经》已达3000万册，其中除了原有的中文繁体字的 《新旧约全书》、《新约全书》、《新约附诗篇》外，还增加了《串珠新旧约全书》、简体字横排本《新约附诗篇》和《新旧约全书》；此外，为方便少数民族信徒，还出版了朝鲜、苗、景颇、拉祜、佤、傈僳、彝等民族文字的圣经；为了满足信徒阅读英语圣经的需要，还出版了《中英文对照新约圣经》、《中英文对照新旧约圣经》；此外，还出版了巴克莱著《新约圣经注释》、《圣经新释》、《耶稣圣迹合参注释》、《圣经百科全书》等，以帮助信徒更好地阅读和理解圣经。《天风》是中国基督教两会公开发行的刊物，自1980年复刊以来，发行量逐年上升，为满足信徒需要，于1985年由双月刊改为单月刊，刊物在宣传三自爱国运动的同时，也增加了灵修和如何办好教会的文章，刊物经常抓住教会中的重点、热点问题，进行分析报导；宣传信徒中朴素而感人的见证，激励众人的爱心，至2001年，《天风》的发行量已达10万份左右。教会的文字出版工作也有了很大进展，《赞美诗（新编）》的发行量已达1000万本以上，其中四分之一是中国信徒自己的作品，还出版了圣诗录音带、圣经朗读磁带及诗篇选读等。此外还出版了不少有关介绍基督教神学、历史、文化的书籍，其中既包括中国基督教人士的著作，也包括翻译的欧美作品，还包括台湾、香港等神学家所写的书籍，这些出版物满足了不同层次信徒的需要，受到他们的欢迎。
不同版本的《圣经》及参考书
各种少数民族文字圣经
三自爱国运动自上世纪50年代开展以来，已经取得了很大成绩。在新的社会形势下，如何坚持三自爱国道路，办好中国基督教会，是中国教会面临的新课题。1986年召开的中国基督教第四届全国会议的《工作报告》指出：“我们的三自工作，不只是要自己治、自己养、自己传，而且还要治好、养好、传好，……应当看到，按照自治、自养、自传的原则来建设好教会，这一任务不但远远没有完成，而且可以说处于刚刚开始的阶段，三自爱国的工作还任重道远。”在1990年第五届全国会议上，明确提出“按三自原则办好教会”。
1983年全国教会通用的《赞美诗·新编》出版
中国基督教三自爱国运动委员会和
中国基督教协会出版的部分书籍和《天风》杂志
坚持按三自原则办好教会，包括坚持独立自主、实行爱国爱教、努力增进团结、大力落实“三好”等具体内容。
坚持独立自主。中国宪法规定“宗教团体和宗教事务不受外国势力的支配”，1950年发起的三自爱国运动割断了同帝国主义的关系，摆脱了外国差会对中国教会的控制，实现了中国教会的自治、自养、自传。在改革开放时代，同样要遵守宪法的规定，坚持三自，以抵制海外反华势力的渗透活动，正如丁光训主教所说的：“中国国内的教会工作和传教工作，是我们中国教会的主权和职责，国外的人，如果没有得到中国基督教当局同意，一律不得擅自对国内进行任何传教性质的活动。”但是，中国教会强调独立自主，并不意味着自我孤立。中国教会和世界各地教会的友好往来将继续进行并进一步发展。教会只是反对那些以传扬福音为名，行分裂中国教会，重新控制中国教会之实的行径。
实行爱国爱教。三自运动的巨大成果之一，就是使中国基督教变成了中国基督徒自办的宗教事业。爱国爱教，荣神益人，已成为广大中国基督教徒信仰与行为的追求。中国是社会主义国家，大部分人民不信仰基督教，但中国又是一个宗教信仰自由的国家，中国共产党在处理与宗教界的关系的原则是：“政治上团结合作，信仰上互相尊重”。基督教应淡化“信与不信”、“有神无神”的差异，突破只关心个人的狭隘观念。弘扬基督教道德，发扬服务社会的传统，投身社会主义精神文明建设。
中国耶稣教自立会1954年3月在上海举行全国代表大会
1995年，时任国家主席江泽民
题词勉励宗教界：“爱国爱教，团结进步”
努力增进团结。三自爱国运动消除了过去中国教会教派林立，彼此攻击的现象，在1958年实现了“联合礼拜”，进入“宗派后时期”。为了进一步增进团结，要提倡求同存异，彼此尊重，在信仰特点上“多数照顾少数”，少数也应以大局为重，同心同意办好教会。三自爱国运动还坚持在宗教信仰自由政策指引下，妥善处理好信徒与不信教者、信不同宗教者之间的关系，以爱心善待同胞，增强信教与不信教群众的团结。
大力落实“三好”。“三好”即自治要治好，自养要养好，自传要传好，它是三自的继续发展和深化。针对目前教会存在的问题，提出在自治方面，要健全管理体制，认真制定并严格遵守规章制度，充分发扬民主，加强监督。在自养方面，要看到中国教会在经济上还不富裕，因此更要勤俭节约，量力而行，不应过多指望海外教会的“支援”。在坚持自力更生，艰苦奋斗的基础上，富裕地区的教会要支援贫困地区的教会，发扬乐于奉献，肢体相顾的精神。在自传方面，要传扬纯正福音，加深对基本要道的认识，反对异端邪说，还要加强开展中国处境中的神学思考，使福音的形态与中国文化相结合，与社会相适应，与时代相适应。
