按三自原则办好教会，神学思想是其理论基础。长期以来，中国的基督教神学基本是西方19世纪或20世纪初神学的翻版，其中有一些消极厌世、狭隘偏执、否定理性、否定人性等保守消极的神学思想，在中国很有市场，不少神学说教与中国的国情和文化不相适应，与现代社会不相适应。神学思想建设不是要否定基本信仰，基督教的基本信仰是基督徒信仰的准则，是不能改变的。但是千百年来，教会在不同时代、不同处境、不同国家里，都进行了与环境相适应的调整，这非但不影响基督徒的基本信仰，反而会使教会更兴旺。中国基督教神学思想建设就是要结合中国的国情和文化，在中国的具体处境中来阐述基督教的基本信仰。神学思想建设是三自发展的必然要求，是自传的一个重要方面，早在1956年，《天风》曾就当时基督徒最关心的问题，如怎样对待世界、对待世人等开展了一场群众性的神学思想讨论，不少教牧人员、神学院师生及信徒都踊跃地发表意见，参加讨论。80年代以来，教会忙于落实政策，恢复组织，开放教堂，对神学思想建设顾及不到，导致一些脱离时代，脱离社会的神学思想沉渣泛起，与社会发展格格不入。90年代末期，基督教神学思想建设被提上议事日程，1998年在中国基督教三自爱国运动委员会和中国基督教协会召开的“济南会议”上作出了“加强神学思想建设”的决议，得到广大教牧人员和信徒的积极响应。
1982年，沈承恩牧师在云南为彝族教会按立新牧
中国基督教领袖丁光训主教对神学思想建设给予了充分的重视，他提出“神学是教会在思考”，他认为，“不讲神学的宗教，是低级和原始的；不思考问题的宗教，一定是同理性格格不入的。”丁主教所提倡的神学思考是如何把基督教的信仰和生活的现实结合起来，成为既合乎理性又具有超越能力的理论。他主张中国教会应该有自己的神学，并提出了许多积极的神学思想，他的神学思考较集中体现在其著作《丁光训文集》（1998年）中，该文集收集了丁主教的讲话、文章共82篇，按内容可分为出访国外演讲、基督教神学、三自和办好教会、宗教政策和宗教研究、怀念和祝愿等五个部分，其中涉及到基督教神学的内容大约有一半以上。在文集中，丁光训主教就一些带根本性的神学问题提出了具有创造性、突破性的观点，如在上帝观方面，他希望中国基督教徒要“摒弃一个报复的，令人恐惧的，对人类具有极权的上帝形象”，而要接受一位“爱的上帝”，他认为上帝最本质的属性是爱，他的爱关注到全人类，全宇宙，这种思想更加符合中国传统文化中的仁爱思想，使基督教更容易为广大中国人民所接受。在基督论方面，提出“宇宙的基督”，“基督的主宰，关怀和爱护普及整个宇宙”，把宇宙的创造、维护、救赎、圣化到终极的完成，都作为上帝藉着基督工作的全过程，因此宇宙间一切真善美都是基督所关怀爱护的，而一切受造物都在基督的恩佑之下。基督徒应该更加谦卑、宽容，以爱心去关爱社会，关心众人。在人性论方面传统基督教强调人的罪性，容易否定人的价值，丁主教吸取中国文化“人性本善”的思想，提出“人是按上帝的形象造的”，是“上帝创造的半成品”，是“参与上帝创造的同工”的理论，既指出救赎的必要，又强调人的道德责任和发展的可能。此外，丁光训主教还在许多文章中，就如何看待基督教外面的一切真善美，如何看待无神论者等问题作出了解答。他的神学思考所具有的先进性、开放性、包容性，是中国基督教在其社会处境和社会实践中所形成的结晶，是中国基督教的宝贵财富。
1998年，在北京举行了《丁光训文集》出版座谈会
目前，基督教神学思想建设已引起许多教牧人员和信徒的关注和重视，不少地区都组织了神学研讨或交流会，彼此分享，共同探讨，互相交流，使不少人眼界大开，收获颇丰。许多教牧人员认为，目前是中国基督教发展的最好时期，面对改革开放的社会环境，如何使神学思想与时代相适应，是摆在教牧人员面前的迫切课题。他们认为神学研讨既是教会与社会相适应、使福音更好传扬的途径，也是坚持三自道路，进一步办好教会的重要举措；是形势的要求，也是教牧人员的自觉需要。不少教牧人员还认为，中国的基督教会中神学基础比较薄弱，整个教牧队伍的素质和水平都比较低，我们一方面不能与城市中文化水平较高、知识面宽广的知识分子信徒对话，引导他们的信仰；另一方面也不能正确带领受迷信、极端消极厌世思想影响较深的农村信徒走出信仰的误区。教会要立足于改革开放的社会，要立足于世界基督教普世教会之林，教牧人员的整体素质必须要有大的提高，教会必须要有具有中国特色的神学思想。神学思想建设不是取决于个人喜好，也不是政府或领导所强加，而是中国教会建设所不可跨越的领域和阶段，每个关心中国教会建设的教牧人员都应该关注和参加。有些研讨会还就教会中普遍关心的问题如属灵与属世的界线；教会与社会的关系；信仰与理性的关系；信者与不信者是否对立；如何看待教外真善美；如何传讲耶稣再来；怎样看待物质财富；如何帮助信徒面对家庭伦理道德问题等进行讨论，达到了很好的效果。
1998年10月，丁光训主教赴港出席典礼，
庆贺邝广杰升任香港圣公会首任大主教
1999年11月，在南京举行培训班教师“神学思想”研讨会
中国基督教神学思想建设开展以来，教会的学习、思考、探讨之风开始形成，不同地区，不同年龄、经历，不同神学观点的教牧人员和信徒，可以互相学习、争论，形成一种生动活泼的局面，促进了神学思想建设的进一步开展。丁光训主教说：“我希望经过相当长的时间以后，一个新型的中国基督教，一个讲理智的、一个分清是非、有敏锐智慧的中国基督教，一个高举基督也高举道德的中国基督教，建造一位很美很同情人类的爱的上帝而不是一个残暴的上帝的中国基督教，将在东方地平线上升起。这个基督教对全世界将带来重要的信息。”
