1949年随着人民解放军的节节胜利，新中国的诞生已势不可挡。对于未来新的社会，不少基督教徒都在考虑这么一个问题；中国基督教将怎么办？由于在中国的外国传教士，尤其是美国传教士，长期以来把反对共产主义作为基督教的任务之一，不失时机地利用一切机会进行反共布道和反共演说，企图把中国基督教训练成反对共产党的力量。受外国传教士影响，在基督教的教堂、学校和出版物中，反共思想和言论深刻地影响着许多基督教徒，教会中充满着崇美亲美反共恐共的思想。抗战胜利后，蒋介石背信弃义，挑起内战。出于美国的国家利益和意识形态方面的原因，美国传教士更是把教会作为反共宣传的工具，煽动教会人士反共反苏。1946年12月基督教协进会召开第13届年会时，专门请传教士作了“基督教与共产主义”、“教会与新时代”等反共演说，提出要以“奋进运动”来对抗共产主义思想的传播。时任美国驻华大使的司徒雷登也一再指示传教士要重视农村教会建设，要与共产党争夺农民。从1947年到1949年，是中国革命取得决定性胜利的时期，当共产党领导的人民解放军取得节节胜利时，教会内的反共谣言更加甚嚣尘上。基督复临安息日会的《时兆》报馆出版了《原子弹与世界末日》一书，把共产党夺取政权视为世界末日，该书初版就印了11万册，流毒甚广。随着北方各地逐步解放，外国传教士和中国教会中的一些人纷纷南逃，到尚未解放地区的教会进行演讲，作“见证”，到处宣传共产党“杀人放火、共产共妻”，还造谣说共产党“迫害宗教”，挑起信徒宗教感情，反对共产党。南京金陵协和神学院的校刊《金陵神学志》上曾刊载消息说山东有位牧师被共产党钉死在十字架上，但全国解放后不久，这位被提到姓名的“被害者”却亲自跑到南京，使谣言不攻自破。中国教会中有些神职人员，甚至利用《圣经》中预言来影射共产党，如说《但以理书》中巨人的半铁半泥脚就是工农联盟，将来要被砸碎；又说《启示录》中的蝗虫和红马就是轰炸机和共产党，地上三分之一的人要被它杀戮，这些惑众的言论在教会内掀起了一股又一股反共浪潮。在国民党政权逃往台湾，外国传教士也不得不撤离中国大陆之前，传教士们还策划了一系列应变措施，如发起“抢救灵魂运动”；物色培养中国的教职人员以顶替传教士，让他们在复杂的情况下伺机开展工作；教会进入家庭，化整为零；等等，妄图使基督教会堕落为美蒋反动势力的工具。因此当中华人民共和国成立以后，许多教徒对共产党的领导不信任，对前途感到渺茫。
1998年，金陵协和神学院合唱团获南京市金陵合唱节二等奖
但也有一部分基督教人士积极欢迎新中国的成立，时任中华基督教青年会全国协会出版部主任的吴耀宗就是其中的代表。吴耀宗曾积极参加了抗日救亡运动，并在与共产党人的接触中逐渐了解和认识了共产党的主张。抗战结束后，又积极投入反独裁、反内战的民主运动，遭受到国民党特务的袭击。吴耀宗认为，基督教的使命是“要在进步革命的历程中做动力，做面酵、做光、做盐”。但他发现，在中国社会发生重大变革的时代，有组织的基督教却因循守旧，成为旧制度的辩护人，他为此深感忧虑，希望基督教能跟上时代发展，1948年复活节，他写下了《基督教的时代悲剧》一文，他认为，中国基督教的传统主要是从美国来的，领袖人才多数是在美国训练的，许多重要组织与事业是由美国教会资助的，信仰与思想几乎就是美国式的基督教的翻版。在中国面临一个有史以来最大转变时，中国基督教中有不少人却追随着新十字军路线，的确是无形中变成了帝国主义和文化侵略的工具。他在文章结尾大声疾呼：“时代是要进展的，如果我们的宗教是迷信的、落后的、违反人民利益的，那么，我们的一切都将遭受历史的无情审判与清算。到那时候，如果我们还以为我们是为义受逼迫，是背负了耶稣的十字架，那就更可悲哀了。”吴耀宗早在解放前夕就敏锐地察觉了中国基督教的问题所在，是中国基督教内为数不多的爱国爱教的“先知先觉”者。
1997年落成的上海沪东堂新堂，可容纳3000信徒聚会
1949年9月21—30日，在中华人民共和国成立前夕，中国人民政治协商会议在北平召开，宗教界民主人士代表共8人应邀参加了会议，其中基督教5人，佛教2人，伊斯兰教1人。基督教的5位代表是吴耀宗、邓裕志、赵紫宸、刘良模、张雪岩。在政治协商会议通过的《共同纲领》中，明确规定了公民有宗教信仰自由，使宗教界人士为之感到振奋。吴耀宗在发言中称：“在新中国建设的计划中，宗教占有了它所应当占有的地位。在共同纲领里面，宗教信仰自由的原则是确定了的。我们宝贵这个自由，我们也决不辜负这个自由，或滥用这个自由。我们也要尽我们的力量，把宗教里面腐恶的传统和它过去与封建力量、帝国主义者的联系，根本铲除。我们愿意追随着全国的民主党派和民主人士，为这个共同目标的实现而奋斗。”①
① 《天风》，第8卷第9期，第12页。
第一届全国政协会议的八位宗教界委员，
其中五位是基督徒：吴耀宗（前左三）、邓裕志（前左一）、
赵紫宸（前左四）、张雪岩（后左二）和刘良模（后左一）
1949年9月，吴耀宗在第一届政协会议上作大会发言
对基督教在新中国的处境，在教徒中也开始有了争论。1949年6月17日，上海《大公报》“社会服务栏”以《基督教徒的觉醒》为标题刊出了5位基督徒的来信，其主要内容是反对帝国主义利用基督教。这封来信在基督教徒中引起了强烈反响，不少人投书报纸发表自己的看法。与此同时，基督教刊物《天风》也刊登了不少教徒的文章，就基督教在新时代的角色与作用进行探讨，许多教徒对基督教落后于时代感到不满，事实表明，已经有一部分基督教徒开始觉醒，愿意进入时代，走向光明。
