第一次鸦片战争后，英美等国的传教差会所派传教士开始增多，差会开始进入中国活动。这一时期来华的差会主要有：

    英国伦敦传教会 伦敦传教会是最早派传教士来中国的，继马礼逊之后，伦敦会于1843年又派麦都斯、雒魏林等来中国，他们于次年在上海租用民房，边施诊边传教。鉴于上海地位的重要，差会又拨款要他们在上海置地造房，形成了以教堂、诊所、印刷所和传教士住宅为中心的“麦家圈”。以后数十年间，伦敦会又陆续派了慕维廉（W.Muirhead）、伟烈亚力 （A.Wylie）、韦廉臣（A.Williamson）等传教士来华，除了在上海外，还到北京、烟台、汉口、厦门等地传教。

    英国圣公会（行教会） 1844年派传教士四美（G.Smith）和麦克开拉启（T.McClatchie）来华考察，确定宁波为该差会在中国的传教中心。第二次鸦片战争后又派了数名传教士来华，从宁波向绍兴、杭州等地发展，布道地区约占半个浙江。差会还在上海建造了圣三一堂，在宁波创办圣三一书院，还开办了英华学堂和戒毒所。

    英国浸礼会 1859年派2位传教士到山东，以烟台为该会的传教基地，但成效甚微。1869年著名传教士李提摩太（T. Richard）到烟台，与韦廉臣合作，打开了传教局面。

    美国公理会 1843年首派传教士波代安（D.Ball）到香港行医传教，两年后进入广州， 孙中山先生信仰基督教加入的就是该会。1847年后该会又派多名传教士在福建传教，并于1853年在福州创办了男女学塾，为福州协和大学的前身。公理会传教士进入华北是由白汉理（H.Blodget）于1860年在第二次鸦片战争中跟随英军北上抵达天津，4年后他到达北京，创办了著名的灯市口教会。1865年后明恩溥（A.H.Smith）、谢卫楼（D.Z.Sheffeild）等传教士先后来到华北。明恩溥后来著有《中国的农村生活》、《变乱中的中国》等著作，成为研究中国问题的专家。谢卫楼则为华北协和大学的首任校长。

1986年6月25日，

北京基督教会崇文门堂圣诗班在

和平祈祷时献诗

    美国圣公会 1844年派文惠廉主教到上海，在苏州河以北地区买地盖教堂并创办书院，以后向长江三角洲发展。第三任主教施约瑟（S.I.J.Shereschewsky）1877年接任后，致力于办学和译书，创办了圣约翰书院，后发展为圣约翰大学。

    美国南北浸会 1845年南浸会始派传教士在华南地区传教，1847年开始以上海为基地向华东地区发展。在上海的传教士晏玛太（T.Yates）于20世纪50年代小刀会起义期间经常与之接触，将窥得的情报送交美国领事馆，并在《北华捷报》上发表，后汇集成《太平军纪事》出版。北方浸礼会主要在宁波、杭州、上海等长江以南地区发展。

    美国长老会 1844年开始在广东、厦门、宁波传教，并逐渐向上海、山东等地发展。到1877年，中国境内的长老会信徒共有1100余人。该会办有刊物《通问报》。20世纪初的著名传教士有司徒雷登（J.L.Stuart）、毕范宇（F.W.Price）等。

    美国卫斯理宗 在中国北方被译为美以美会，南方被译为监理会。1847年开始在福州传教。传教士保灵（S.L.Baldwin）在福州创办了第一份供在华传教士交流的《教务杂志》。著名传教士林乐知（Y.J.Allen）于1860年来华后曾任中国监理会传道团团长。

    中华内地会 由英国传教士戴德生（J.H.Taylor）于1865年创立，是跨国跨宗派的差会。要求传教士的衣着起居尽量中国化，以无偿献身的精神来传教。其总部设在上海，但发展方针是避开大宗派差会在沿海和城市的传教地区，专向中国的内地
展，在四川、河南、陕西、云南等省都有发展。到20世纪初，内地会在中国约有700座教堂，19000余名信徒，还办有若干小学、医院等。