19世纪60年代起，一连串含有“传教宽容”条款的不平等条约签订之后，基督教便以合法身份进入中国。在此后的30-40年间，基督教在中国的传教活动迈入了新的发展时期。但与传教士愿望相反的是，基督教在中国的发展仍遭到来自民间的种种误解、阻挠和反抗。

    传教士依殖民主义强权进入中国，不平等条约所确立的传教特权，往往造成传教士有恃无恐，欺压百姓，激起了中国人民，尤其是农民和城乡平民的不满和反抗，不少士绅和下层官吏也参与其间。19世纪60年代后，以反洋教（天主教、基督教）为名的教案几乎遍及大江南北，其中与基督教直接发生关系的教案有以下一些：

    青浦教案 是基督教传入后的第一件教案。1848年3月，上海伦敦会3名传教士违反地方规章，擅入江苏省青浦县城散发福音书。当时有万余名船上水手滞留该处，船民围观洋人，传教士挥舞手杖打伤了人，群众持篙问罪，遂起冲突。青浦县令急忙护送传教士回沪，上海道台也答应麦都思等捉拿“肇事者”。然而中英国驻上海领事阿礼国借端寻衅，抗付关税，封锁漕船，调遣军舰去南京向两江总督要挟。结果地方官被革职查办，10个乡民受刑，赔偿传教士300银两。

1984年12月24日晚，

北京市基督教崇文门堂举行圣诞夜崇拜会

    台湾凤山教案 1868年9月，教徒庄清凤欺压乡民，民众烧毁了凤山几处教堂，驱走了英国传教士。在台湾垄断樟脑业的英国商人持械营救传教士，英国又借口保护英商，竟派军舰到台湾，向安平城开炮，杀死了守将，焚毁了兵营及火药库，造成武装流血冲突。闽浙总督赶紧与英国谈判，结果地方官员被革职和赔款。此外，中国还被迫放弃了台湾官厂的樟脑专卖权。

    扬州教案 中国内地会传教士戴德生依仗英国殖民势力，1868年8月在江苏扬州强行租屋设堂，遭到当地群众反对，他的住所也被捣毁，戴德生举家避难镇江。英国驻上海领事麦华陀闻讯立即乘军舰直驶南京，向两江总督曾国藩进行要挟。结果扬州知府被撤职，赔款给教堂。曾国藩还在教堂门前勒碑告示保护教堂。扬州教案消息传至英国，舆论大哗，认为戴德生惹出是非，几至重开战端。有人要求英国政府召回全部在华传教士，这反映出英国人民群众也不赞成传教士的行为。戴德生虽经此挫折，一年后他又派人在扬州建立传教据点。

    重庆教案 1886年7月由英美基督教会在重庆强行造堂引起的教案，实际上已是第二次重庆教案了。在此前23年，因天主教索还教堂已有一次教案。如今是因美国传教士在险要之地强建洋房，还雇人逞凶，引起民众寻仇，商人罢市，考生罢考，3000余人群起焚毁英美传教士洋房3幢，教民房屋250间。因教堂的武装也开火杀人，众人进而捣毁英国领事馆。此案结果英、美公使向清政府索赔4.157万两白银，2名中国人被处死。

    曹州教案（或称巨野教案） 1896年6月，山东曹州一带乡村因民、教夺地问题引起大刀会的反教暴动，不久即墨大刀会也毁教堂灭洋人。他们扬言“灭耶稣、天主两教，将洋人一概逐出中原”，共捣毁教堂30余处，杀了2名德国主教和神甫。1897年，德皇威廉二世就以巨野传教士被害为借口，任命亨利亲王为远东舰队司令，将军舰驶入胶州湾强行登陆，占领了胶州府城。清政府摄于淫威，多次交涉终于同意德方提出的各项要求，除惩凶黜官外，还包括（1）赔偿教堂损失3000两银子；（2）在济宁、曹州、巨野三处建造教堂各一座，每处造价6.6 万两银子，教堂前立碑上刻“敕建天主堂”；（3）朝廷降旨保护在华德国传教士。与此同时，另外还签订了《中德胶澳租界条约》，规定将胶州湾区域全部归德国租借，允许德国修筑胶济铁路，铁路两侧15公里内的矿藏也归德国开采。因此中国不仅丧失了胶州湾，整个山东省也渐次沦入德国的势力范围。曹州教案也表明外国教会势力与列强的侵略扩张相结合，演进到了一个新阶段。

    义和团运动 1900年，中国爆发了震惊中外的义和团运动。它既是以农民为主体的中国人民的反帝爱国运动，也是天主教、基督教同社会民众冲突积累半个世纪后的一次大爆发。义和团、大刀会和梅花拳等本是北方民间练武习艺的秘密结社，原先带有“反清复明”、“抗官除暴”色彩，后来逐渐卷入反对外国教会势力的排外行动，至终猛烈反洋人反洋教，反对一切来自西洋的事物。它得到清政府朝廷顽固派的支持，他们期望依靠义和团来达到攘夷狄、保社稷的目的。

    1900年6月，山东义和团进北京，连续焚烧了赛马场和英使馆的别墅，又包围了京城内所有的教堂和使馆区，天主教和基督教传教士发动5、6千名教徒，在使馆区挖战壕筑工事，协同使馆士兵作战，不少教徒死于非命。义和团和清军集中包围使馆区和两座教堂计56天之久，直到8月14日八国联军攻入北京城为止。天津的义和团也差不多在同时揭起“扶清灭洋”的旗帜。6月14日，他们烧了仓门口、镇署前等3处教堂，次日又烧了望海楼和天后宫的著名教堂。官府对义和团大加鼓励，总督衙门改为义和团的团部。大批教徒有的逃往紫竹林租界，有的逃往拥有武装的教堂。义和团团民称这些教徒为“二毛子”，绝不轻饶，宽则受罚，严则砍头。直隶省内的义和团还拥立女拳师朱红灯为首领，义和团散发揭贴写道，“女的红灯照，男的义和拳”，招徕男女百姓加入这些组织，到处“毁铁路、杀洋匠、焚教堂、戕教士”，其势猛不可挡。尤其在保定，当八国联军攻陷大沽口的消息传来后，群众更加气愤，团民把守城门，烧了长老会、公理会和内地会的几座教堂，杀了一批传教士和教民。有6名美英牧师逃往清军兵营求救，营官惧怕义和团的声势不敢收留，却把他们送交义和团处死。山西省的义和团于6月下旬就在太原等地砸毁英国和法国的教堂，火焰彻夜未熄。8月，骚乱延及长城内外，省内17个州府40余县城都有义和团活动，全省杀传教士150余人，毁教堂70余座，传教事业一时绝迹。义和团运动也蔓延到内蒙、东北等偏远省区，团民抓住外国人，立即杀除，对信教的“二毛子”，胁迫他们脱离“洋鬼子”，如果不从还为之辩护者，也立遭惨杀。在民族仇洋风雷激荡的情况下，西方宗教成了最容易受攻击的目标。

1988年6月下旬，在有百年历史的上海沐恩堂举行的

一次隆重祝圣礼拜上，74岁的孙彦理和60岁的沈以藩

被祝圣为主教。这是中国基督教会33年来首次祝圣新的主教

    据王治心著《中国基督教史纲》的资料，在义和团反洋教时期中，被杀害的天主教传教士为53人，基督教传教士188人。

    为镇压义和团起义，帝国主义列强直接出动武装军队来中国。英、美、德、意、俄、奥、日、法八国联军派兵威逼清政府剿办义和团。八国联军一踏上中国国土就到处烧杀掳掠。1900年7月中旬，八国联军攻下了天津，8月14日攻陷北京。1901年9月9日，强迫清政府签订了丧权辱国的《辛丑条约》，被迫偿付白银4.5亿两赔款等，中国彻底沦为“列强共管下的半殖民地国家”。在八国联军侵略中国的过程中，传教士也扮演了极不光彩的角色，不少人充当侵略军进入北京的情报向导和随军牧师，参与了对北京城的洗劫，并为帝国主义列强瓜分中国的阴谋出谋献计。