在中国，由于历史原因，人们习惯于将新教称为基督教。
1807年，英国传教士马礼逊抵达中国，基督教新教（以下称基督教）开始叩响中国的大门。但由于当时传教为清（1644-1911）政府所禁止，不能公开进行，因而借助中文著述传播基督教教义，便成为他的主要工作。
哈尔滨一居民区的基督教堂
至1842年，英、美、荷兰等国共有7个差会、24名传教士来到中国，在东南沿海的广州、澳门等地活动。除了秘密传教之外，他们的活动主要是：著书、译经、办报、办学，介绍西方文化，在出版、教育等方面为大规模传教作准备；广泛搜集中国政治、经济、文化、军事等方面的资料和情报；一些人则鼓吹武力干涉中国内政和强迫清政府放弃禁令，以实现自由传教的目的。
自1840年鸦片战争后，中国的大门被西方列强用炮舰打开，清政府被迫与西方列强签订一系列不平等条约。自1858年起，清政府同意外国传教士可以到中国内地传教。于是，外国传教士纷纷来华。据有关资料，在清朝的25个行政省中，有21个是在1860至1900年间传入新教的。从马礼逊来华至1842年间，在华的新教徒不足百人，而到19世纪末，新教传教士约1500人，教会团体61个，教徒约有8万人。
河南洛阳一基督教堂
然而，基督教在中国的传播，并非一路牧歌，而是夹杂着强力与特权，这一切给基督教的信仰蒙上了一层阴影。许多人一提到基督教，就会与战争、屈辱、丧权联系在一起。原北京大学校长蒋梦麟（1886－1964）先生对此有一生动描述：“人们发现一种宗教与武力形影不离时，对这种宗教的印象自然就不同了。而且中国人也实在无法不把基督教和武力胁迫相提并论。慢慢地人们产生了一种印象，认为如来佛是骑着白象到中国的，耶稣基督却是骑在炮弹上飞过来的。”
基督教与伊斯兰教、犹太教不同，后者早期来华以移民为主，组成自治的小社团，并不对外传教，而基督教来华的传教士，以传教为目的，因而与中国传统的思想、信仰、风俗、习惯直接发生冲突。例如，传教士反对中国基督徒参与世代相沿的祭祖和迎神赛会的活动，使得中国当时不信耶稣的人认为，多一个基督徒，就少一个中国人。
而在不平等条约的庇护下，在中国的土地上，传教士不受中国政府的管理。一些人有恃无恐，为了建造教堂，强行租买土地、占用民房；有的包揽诉讼，干预地方政事；少数不法教徒，横行乡里。如此等等，遂使民教矛盾普遍激化。
从1840年至1900年，中国各地共发生“教案”400余起。西方国家借口“教案”，向中国政府施加军事或政治压力，提出种种无理要求，强迫赔款，捕杀无辜，甚至以此为口实发动侵略战争。
1900年义和团运动爆发，大规模的流血教案使基督教会既遭到沉重挫折，也使他们逐渐清醒。不少传教士和教会人士认识到，传教受不平等条约保护，涉嫌政治，为大多数中国人所反对。有鉴于此，一些国家的政府和基督教内部对教会和传教士涉足政治、外交领域的活动作出了限制。例如，英国驻华使馆要求禁止在华差会的传教士直接找中国政府为教徒进行涉诉干预。而传教士本身，也认识到入教者中一些人的素质不够高，开始对插手与他们相关的纠纷持较谨慎的态度。由此，各地民教冲突大为减少，教案风波也逐渐平息。
在华传教士还逐渐认识到，要消除中国人对外国人和传教士的仇恨和排斥情绪，以前的传教方法也有改革的必要。在19世纪，绝大多数传教士采取的是直接布道的方式，以宣讲教义、巡回布道、散发宗教宣传品等手段，吸引人们信教。20世纪以后，他们主要通过兴办学校、医院和慈善机构等，推动传教。这种做法，正好适应了中国人要求变革，要求自新和富强，要求向西方学习的心理，教会也借此得到进一步发展。从更深层次看，20世纪初中国基督教事业的发展，还有其他方面的原因，即中国社会政治文化进步，以科学与理性为代表的新思潮崛起，并逐渐取代传统的儒家思想成为主流。在社会不断进行革命和改良的条件下，一般民众对教会的态度发生了变化，从闭锁心态转向开放心态。正是在这种大背景下，加上当时中国政府和基督教会两方面的努力，由反教引发的社会矛盾得到缓解，在此相对比较宽松的环境中，中国基督教事业得到了发展的机遇。
上海衡山路国际礼拜堂，建于1920年，是上海最大的基督教堂。
教会发展的显著标志就是传教士人数、信徒人数和来华差会数的快速增长。1900年，在华的基督教外国传教士是1500人，至1927年增至8000人，其中半数为美国人。教徒人数1900年是8万人，1922年增至40万人左右，至1949年接近70万人。
在教堂里举行的婚礼
海南省海口市新建的基督教堂
基督教会不仅在中国的大城市中，而且在许多穷乡僻壤也建起了教堂。差会在各地开办了许多神学院校和圣经学校，培养了不少传教人员。
与此同时，中国教会的自立运动和本色化运动也一直在进行着。自立运动又称“教会自立自传运动”，起源于19世纪70年代，当时教案不断，基督教发展受挫，促使中国教会内部的一些人士觉醒。他们反对不平等条约和外国势力的欺压，力图改变“洋教”的形象，建立具有中华民族特色的基督教新教，主张教会脱离外国教会的束缚与控制，自办教会，实现独立。1873年，基督徒陈梦南在广州首建独立的“中华福音会”，最初只有两座教堂，后发展为50座。
20世纪以后，创办自立教会从中国基督徒个别的自发行为发展成为一个教会运动。1906年，俞国祯在上海建立了“中国耶稣教自立会”。该会的成立宣言主张“废除保护教会的不平等条约”、“觉醒了的各地区教会和具有崇高理想的基督教信徒，即将建立一个自治、自传、自养的教会”、“坚决反对外国教会的控制”等。此为中国基督教历史上首次提出的将爱国与爱教结合在一起的“三自”思想。这一爱国教会一直延续到1950年，与“三自爱国运动”并流。虽然全国很多地方都成立了自立教会，但在20世纪20年代末以后，由于经费困难及多方面的影响，各地的自立教会大多自生自灭，存在下来的甚少。
基督教本色化运动是旨在使基督教纳入民族化的运动。其特征是反对全盘西化，主张在教义、组织、礼仪方面与中国的传统文化相结合，发扬东方固有的文明，但仍与西方教会保持一定的合作。1922年，在上海召开了中国基督教全国大会，成立了全国性组织中华全国基督教协进会（ChinaChristianCouncil）。该会提出了建立本色教会的口号，主张中国信徒担负责任，发扬固有文明，使基督教消除“洋教”的称号。这些主张得到了很多基督徒的响应。
教徒在唱赞美诗。
圣诞节之夜，上海衡山路国际礼拜堂。
中国基督教倡导的本色教会运动的具体方向是：自立、合一、本色。不少教会在这三个方面作了有益的探索和尝试。
当时，原由差会控制的几个大宗派虽然先后都冠以“中华”二字，强调教会应由基督徒负责管理、传教和经费使用，西方传教士退居辅助地位，但总的说来，教会领导权仍在外国传教士手中，经济上也仍依靠各差会支持。
本色化运动中，教派联合成为中国基督徒的一致要求，有的主张把同一宗派的各教会统一为一大的团体；有的主张同一城市中的不同教派成立一大的组织；有的主张不分教派，统一由中国人主持教会；有的主张不求形式统一而成立一讨论问题的组织；还有的主张以行业来划分等。
教堂内的宗教书籍销售
但是，基督教如何与中国文化融合，被中国人认可，并不是一件简单的事。形式上的变化和融合比较容易一些，例如有些地方在建造教堂时，采用了中国殿宇式的建筑，赞美诗也被谱上了民族曲调。但基督教如何与中国文化的内在精神相结合，则需要不断的探索与实践。中国教会的本色化之路还相当漫长。
1949年中华人民共和国建立后，基督教在中国的发展出现了历史的转折。
不过，在新中国成立之初，由于在华的部分外国传教士，尤其是一些美国传教士，长期进行反共宣传，因此许多教徒对共产党及其领导下的人民政府不信任，对前途感到渺茫。尽管新中国宣布实行宗教信仰自由政策，但基督教的发展仍然面临着困难，其症结所在，便是长期与西方殖民主义有意无意、有形无形之中发生的关系。
一部分有识之士认识到，中国基督教必须清除过去西方的影响和烙印，完成自身的改造，使之与发展变化了的中国社会相协调，才能在广大群众的心目中改变旧的形象，得到理解和认同。
1950年9月23日，以吴耀宗为首的40位基督教界的领袖和著名人士经过反复讨论，发表了题为《中国基督教在新中国建设中努力的途径》的宣言（通常简称为“三自宣言”）。这标志着中国教会三自革新运动的正式开始。宣言号召全国基督徒为建立一个独立、民主、和平、统一和富强的新中国而奋斗，要求全国基督徒割断与西方差会的关系，在最短的时期内完成自治、自传、自养的运动。宣言发表以后，得到了爱国基督教徒的积极响应，并发起了签名拥护运动。至1954年，签名拥护宣言的信徒达41万多人，占当时全国信徒人数的2/3。
1950年，朝鲜战争爆发，美国政府对中国实行经济封锁，冻结中国在美国的公私财产，这给许多依赖美国差会津贴来维持的中国教会和教会团体带来了严重困难，但爱国基督教人士并没有改变自办教会的初衷，反而促进了三自运动的发展。很多基督教团体宣布，从1951年起，不再接受美国的津贴，也不接受任何外国任何方式的津贴。
1951年4月，中国基督教各宗派、各团体的代表发表联合宣言，号召全国信徒积极参加抗美援朝运动，加速实现中国教会的三自运动，并且成立了“中国基督教抗美援朝三自革新运动委员会筹备委员会”，作为三自运动的领导机构。
1954年7月，中国基督教第一次全国会议在北京召开，将原有的三自革新运动，改称三自爱国运动，成立中国基督教三自爱国运动委员会，吴耀宗当选为主席。
中国基督教界宣言的发表和三自爱国运动委员会的建立，实现了中国基督徒长期以来爱国爱教，主张收回教权、独立自主的愿望；结束了中国教会长期被西方差会控制的局面。同时，它也是中国教会和基督徒克服西方差会所造成的宗教歧见与差异，排除干扰，在爱国主义的旗帜下大团结的产物。因此，三自运动的兴起，标志着中国的基督教从“洋教”转化为中国人自己的基督教的新起点。
中国教会实行自治、自养、自传，强调独立自主办教，并不意味着自我孤立。在建国以来的50余年中，中国基督教与许多国家和地区的基督教主要组织建立了正式联系。主要活动有接待海外来访团体，邀请国外教会人士来华访问讲学；组团出访，参加基督教国际会议等。1991年，中国基督教协会正式参加了世界基督教教会联合会并成为会员。
教徒的宗教生活 1978年改革开放以来，在宽松的社会环境中，中国公民的宗教信仰自由的权利进一步得到尊重，基督教信徒人数逐渐增加。据统计，1949年，中国有基督教徒70万；至1979年，信徒达300多万；而到2002年，全国信徒达1600多万，是中国五大宗教中发展最快的。
中国基督教徒中，70%生活在农村，呈现出老年人多、妇女多、文盲多、病者多的特点。从20世纪90年代起，信徒中青年及知识分子的比例有所上升，使基督教信徒构成成分有所改变。
教徒既可以在教堂和聚会点开展宗教活动，也可以按照宗教习惯，在自己家里举行以亲友为主参加的祷告、读经等宗教活动，一般称之为“家庭聚会”。
据统计，1986年全国有礼拜堂4000多所，至1996年，全开放的教堂已有1.2万多所，另有聚会点2.5万多处。现在全国有近5万所教堂和家庭聚会点，其中70%在农村，基本满足了信徒参加宗教活动的需要。
基督教家庭聚会
为了满足基督教徒灵性生活的需求，各教堂、聚会点除了正常的主日礼拜外，还根据信徒的不同需求举办各类宗教聚会，如查经会、祷告会、读经班、慕道班、青年聚会、唱诗班、夏令会、冬令会、培灵会等；在圣诞节、受难节、复活节举行庆祝纪念礼拜；信徒的结婚礼拜、丧事礼拜、纪念追思礼拜、敬老尊长礼拜和各种感恩礼拜等，都正常进行。
金陵协和神学院学生
中国基督教自1958年起实行不分教派的联合礼拜，至今仍保持着这一传统，但同时，按照统筹兼顾、信仰彼此尊重的原则，对一些在信仰或礼仪上有不同特点的信徒给予照顾。例如，在入教仪式上既有点水礼，也有浸水礼；既有星期天礼拜，也有照顾少数教派守星期六为安息日的礼拜；聚会内既有体现原圣公会的公祷文，也有体现安息会特点的谦卑礼和聚会处的擘饼聚会。为照顾一些信徒的特殊需要，有的教堂还设立了方言礼拜、盲人聚会；对年老体弱或离教堂较远的信徒，实行上门施洗、送圣餐等，使他们同样得到教会的关怀。
国外谣传中国境内《圣经》严重缺乏，实际上，自1988年至2002年底，中国已印制发行了3000万册《圣经》，计有汉、英、朝鲜、苗、景颇、拉祜、佤、傈僳、彝等多种版本。人们可以在《圣经》售卖点、教堂及神学院校内方便地买到。在一些少数民族地区，部分是免费赠送或以很低的价格象征性地售予信徒。
印刷《圣经》的是南京爱德印刷有限公司(NanJingAmityPrintingCo.Ltd)，由联合圣经公会与爱德基金会于1987年合资成立。
基督教团体 中国基督教的全国性组织为中国基督教三自爱国运动委员会（英译为NationalCommitteeofThree-selfPa-trioticMovementoftheProtestantChurchesinChina）和中国基督教协会（英译为ChinaChristianCouncil）。前者成立于1954年，后者成立于1980年，会址均设在上海。这两个组织下设有各专门委员会，如教会治理委员会、自养推进委员会、自传研究委员会、神学教育委员会、圣经出版委员会、文字出版委员会、农村教会工作委员会、海外联络委员会、圣乐委员会、妇女事工委员会和民族事工委员会等。会刊是《天风》，公开发行，单月刊。
各地方也成立有三自爱国会和基督教协会，共1700多个。
基督教三自爱国委员会和基督教协会是平行独立、分工协作的关系。三自爱国会是基督教徒的爱国爱教组织，其主要任务是团结全国信徒爱国爱教，维护教会的独立自主，增强教会内的团结，为办好中国的教会服务。基督教协会是教务组织，主要任务是推进神学教育、人才培养、出版书刊、修订规章、开展与各国教会的友好交往等。
神学院校 中国目前共有神学院17所。其中，位于南京的金陵协和神学院，是中国基督教的全国性神学院，成立于1952年。学院设有本科（4年制）、研究科（3年制）和圣经函授班（3年制）。课程主要分圣经研究、教会历史、神学研究、神学实践四个部类，此外还有文化和政治课。教学方针是学修并重，以学为主。同时鼓励学生重视个人灵修，参加集体早晚祷聚会，组织学生定时定点到教会参加各项活动，使学以致用。
南京爱德印刷有限公司在印刷《圣经》。
地方性的院校有：上海华东神学院、北京燕京神学院、成都四川神学院、武汉中南神学院、沈阳东北神学院、福州福建神学院、杭州浙江神学院、西安陕西基督教圣经学校、长沙湖南基督教圣经学校、南昌江西圣经学校、昆明云南神学院、郑州河南基督教圣经学校、呼和浩特内蒙古自治区义工培训学校、济南山东神学院、合肥安徽神学院、广州广东协和神学院。
此外，各地基督教会还开展有各类短训班、函授班、义工培训班。
