在政府间科技合作的推动、示范和鼓励下，中国的半官方及民间科技合作交流也取得了相当大的发展。科研机构之间、高等学校之间、科技学术组织之间、企业之间、城市之间以及科学家个人之间的交流都很活跃。
截至2003年底，中国国家自然科学基金会与38个国家和地区的科学基金及科研机构签署了58个合作协议，积极支持国际科技合作。国际合作交流项目经费约占其总经费的4.6%，主要用于国际(地区)合作研究项目、出国(境)参加国际学术会议项目、在华召开国际学术会议、资助留学人员短期回国工作讲学专项基金、国家重点实验室国际合作交流专项基金、国家自然科学基金会—香港联合资助局联合科研基金、重大国际(地区)合作交流项目基金。中国国家自然科学基金项目中可用于国际合作的经费可以占项目总经费的10－20%。自1987年以来，中国国家自然科学基金用于国际合作的经费呈快速上升趋势。2002年度，自然科学基金会共资助国际合作项目1934个，批准资助经费8104万元，而在1991年，这个数字仅为500万元。
科技部徐冠华部长与美国能源部长举行双边会谈。
在河南省洛宁县罗岭乡路沟村的中意国际林业合作项目
——高效生态经济型林业栽培模式示范园里，
意大利林业专家向当地群众传授核桃树的栽培技术。
中国科学院已同60多个国家和地区建立了科技合作关系，签署了院级合作协议80多个，所级合作协议近千个，每年出访和来访合计1.5万人次，每年召开100个左右的国际和双边会议，近400位科学家在400多个国际科学组织和机构中担任不同层次的职务。同时，中国科学院与国外著名机构建立了一批联合实验室、青年科学家小组和伙伴小组、跨学科研究中心等。
根据教育部对16所高校所进行的统计，这些高校已同100多个国家近2500个院所、科研机构、国际组织、企业建立了合作与交流关系，签订了1500多个科研项目合作协议。例如，北京大学已与遍及世界49个国家和地区的200余所大学和研究机构建立了校际交流关系，目前每年到访北大的外国专家超过2万人次。1998年以来，已有数十位诺贝尔奖得主和21位国家元首访问北大并发表演讲。同时，北京大学每年出访交流的教员和学生超过5000人次。
开展民间国际科技交流活动，在相互尊重和平等互利的基础上发展同国外科学技术团体和科技工作者之间的友好关系，是中国科协的重要任务之一。
中国科协与30多个国家和地区的民间科技团体、组织建立了交流与合作关系，并签署了52个双边交流与合作协议。中国科协作为中国科技界的代表，是国际科学理事会（ICSU）和世界工程组织联合会（WFEO）等国际科技组织的国家会员。截至2000年底，中国科协及所属全国性学会参加的民间国际科技组织达252个，并有一大批中国著名科学家被选入这些组织的各级领导机构。
中国积极鼓励外国研发机构在华建立中外合作研发机构或独办研发机构。自1990年美国惠普公司在中国设立第一个研发机构以来，跨国公司纷纷加快了在中国设立研发机构的步伐。到2002年，跨国公司在中国设立的研发机构已经超过100家。
