泉州海外交通史博物馆的新馆于1990 年兴建在福建泉州东湖畔，辟有“泉州与古代海外交通”、“泉州宗教石刻”和“泉州外销瓷”三个陈列馆，连同仍设于开元寺内的“泉州湾古船陈列馆”，两处馆区共占地3.5 万平方米，陈列面积近4000 平方米。

泉州海外交通史博物馆新馆外景

泉州出土的宋代海船复原模型

刺桐后渚港出土的宋代海船

　　泉州湾古船陈列馆位于开元寺东侧，总面积1307 平方米，分为门厅、船厅和海船出土文物陈列室三部分。长24.2 米、宽9.15 米的古船残体作为该陈列馆最重要的展品就陈列在这里。

　　从船厅右侧拾级而上是海船出土文物陈列室，陈列着泉州湾后渚海船和1982 年发掘的另一艘宋代海船——法石古船的伴出文物和按1 ∶ 10 比例制作的泉州湾宋代古船模型。

泉州宋元时代阿拉伯侨民墓碑陈列

　　泉州湾古船陈列馆的展品以古船出土物为主，伴以相关的造船、航海方面的辅助陈列。

　　泉州与古代海外交通陈列馆分史前、三国两晋、隋唐五代、宋元、明清部分来展示泉州古代海外交通的情况。陈列共采用200 多张图片、近300 件实物。

宋元时代泉州外销瓷器——“军持”

　　泉州宗教石刻陈列馆陈列宋、元时期外国在泉州经商、传教者及他们的后代遗留的石刻300 多方，有墓碑、墓盖石、石雕像和各种教寺庙建筑构件等，所体现的教派有伊斯兰教、景教( 古基督教)、印度教和摩尼教等。

　　泉州外销瓷陈列馆陈列着自新石器时代直至现代泉州地区陶瓷生产历史及历代外销情况，展品有古代陶瓷器420 件及一部分现代瓷器。

　　泉州海外交通史博物馆现有藏品3000 多件，其中一、二级文物数十件。在这些藏品中，以古船出土物和宗教石刻最具特色和珍贵，该馆藏品中还有一些华侨史方面的珍贵文物以及西班牙银币等反映泉州古代海外交通兴盛的外国文物。