1945年，随着日本军队在亚洲及太平洋战场上的节节溃败，石井四郎意识到日本大势已去，因此在年初即制定了731部队留守人员名单。由于日本关东军十分清楚731部队的所作所为严重违反了国际公约的规定，所以，为了掩盖其罪行，731部队在溃逃前将所有设施全面炸毁，并将重要的物资和核心资料带回了日本。
被炸毁的细菌试验中心残迹
被炸毁的细菌试验中心残迹
作为细菌试验中心的“四方楼”被彻底炸毁，炸毁前将关押在特设监狱中的最后一批未被试验者用毒气杀死，并用火焚烧这些尸体。但因尸体数量很多，短时间内不能全部烧尽，731部队命令运输班司机将许多并未烧尽的尸体用卡车秘密运往松花江边，并将尸体全部投入松花江内。
被炸毁的动力班残迹
动力班的三台机组在被炸毁前，曾开足马力销毁被实验者的X光片及不能带回日本的重要资料。被炸毁的还有兵器班和高桥班的设施及焚尸炉等。
731部队逃跑路线图
731部队的大部分队员都经中国的通化、丹东以及韩国的釜山东渡回国。（选自郡司阳子《证言·731石井部队》，德间书店）
根据“侵华日军七三一部队罪证陈列馆”馆藏资料整理
日军投降后，731部队的绝大部分人员返回日本，只有少数支队队员被俘。
