1932年
2月5日
日本关东军侵占哈尔滨。
8月
日本陆军军医学校设立防疫研究室。
石井四郎在距哈尔滨市70公里的五常县背荫河镇建立了细菌试验工厂。
年底
石井四郎晋升为军医中佐。
1933年
8月
日军在哈尔滨市宣化街和文庙街一带设立石井细菌研究所（石井部队），代号为“加茂部队”。
9月
背荫河细菌工厂发生了监狱暴动事件。
1936年
8月
日本天皇敕令陆军参谋本部在中国东北地区建立两支防疫部队，实际从事细菌战实验，即哈尔滨平房的“关东军防疫给水部”——石井部队和长春孟家屯的“关东军兽类防疫部”——若松部队。
1938年
6月30日
日本关东军司令部军参谋长下达“关参命第一五三九号令《设立平房附近特别军事地区之件》”。平房地区40多个村庄被指定为“特别军事区域”，强迫当地农民立即撤离，并占用农田610公顷，部队本部周围两公里范围成为“无人区”。
9月
石井部队本部（平房）建筑工程基本完成。“加茂部队”迁移到平房，改称“东乡部队”。原”加茂部队”营址改为石井部队的第三部。
1939年
6月23日至9月上旬
石井部队参加诺门罕战役，派出以碇常重少佐为首的“敢死队”在哈拉哈河投撒了细菌。石井部队也有近40人丧命。
9月
根据日本关东军关东宪兵队司令部命令，日伪军、警、宪、特等开始向石井部队“特别移送”，用活人作为细菌实验材料。
1940年
8月22日
石井部队正式对外启用“关东军防疫给水部”名称，本部下设第一、第二、第三、第四、总务、教育、器材、诊疗等八个部，并计划在东北适当位置设立支队。
7月至10月
石井部队和南京1644部队共同实施细菌战作战计划，对浙江省的宁波、金华、玉山、温州、丽水、衢县等地先后进行了10次细菌攻击，致使该地均出现突发性鼠疫流行。
12月2日
根据“关作命甲第三九八号”命令，石井部队设立牡丹江支队、林口支队、孙吴支队和海拉尔支队。
1941年
春季
石井部队组成以太田澄大佐为首的40至50人的第二次远征队，对常德、温州进行细菌攻击。
8月
为了加强隐蔽性，部队名称变更。
本部更名为满洲第731部队
牡丹江支队更名为满洲第643部队
林口支队更名为满洲第162部队
孙吴支队更名为满洲第673部队
海拉尔支队更名为满洲第543部队
11月
日军飞机再次在常德上空投撒细菌，常德及附近的桃园、丰县大规模流行鼠疫。
1942年
6月至7月
731部队远征队与1644部队配合，将霍乱、伤寒、鼠疫、赤痢等传染病细菌散布在以浙江省金华为中心的区域。
7月
北野政次接替石井四郎任731部队长；石井四郎改任侵华日军第一军军医部长。
8月
731部队和南京1644部队在浙赣地区的广信、广丰、玉山、江山、常山、衢县、丽水等地进行细菌攻击。
1943年
3月12日
关东宪兵队司令部警务部下发第一二○号文件，对“特别移送”实施问题进一步作了规定，并确定了“特别移送”对象的标准。
1945年
1月
731部队成立撤退留守处。
3月
石井四郎重新担任731部队长。
7月
731部队及其支队的重要设备向通化转移。
8月10日
731部队特别班班长石井刚男少佐根据石井四郎部队长的命令，将“特设监狱”中的在押人员全部杀害，并开始全力以赴销毁资料，砸毁仪器设备，炸毁建筑。8月14日，731部队组织人员乘火车南逃，各支队也自行组织人员撤退。
8月15日
日本天皇裕仁在东京电台宣布了投降诏书。
8月18日
731部队绝大部分人员逃回日本。
1948年
12月
远东国际军事法庭对细菌战自起诉阶段即免责，此后未予处理。
1949年
12月25日至30日
苏联伯力军事法庭（伯力）对前关东军司令官山田乙三大将、军医部长梶塚隆二中将等十二名日本战犯进行公审。1950年，在莫斯科出版了《前日本陆军军人因准备和使用细菌武器被控案审判材料》一书。
1956年
6月至7月
中国在沈阳设立特别军事法庭审判被俘日本细菌战犯，判处日军前731部队162支队支队长原秀夫、宪兵吉房虎雄等有期徒刑。
1959年
10月9日
石井四郎患喉癌死于日本东京。战后，他因将细菌资料作为交换条件交给美军，被免于战争起诉。
