（一）高考招生制度改革
2006年春天，上海复旦大学、上海交通大学两校实行了通过面试自主招生的尝试，成为高校改革的一个亮点。两校通过对上海若干所重点高中优秀学生的面试，在经过双向选择、考生确认环节之后，复旦大学、上海交通大学各自确定了291名，共582名考生，约占复旦大学2006年总招生比例的10%。这一尝试的理论意义在于尝试将本属于高校自主权的招生权回归高校。但高校却有难以为继之叹，认为工作量太大，招生成本太高。社会的意见之一是此政策只惠及了本地的学生。中国政法大学的招生改革不如上海交通大学、复旦大学夺目，但是更有深意。为克服社会垢病的重点高校招生本地化弊端，中国政法大学自主决定率先在各省平均分配招生名额。今年，该校在河南、山东、四川的招生都达到或超过了100人。在北京投放的招生计划由去年的185人下降为160人，降幅达到了13.51％。
香港地区的大学在内地招生，争夺内地“状元”，引起了不小的震动。香港8所大学集体出动，共招收了380余名内地尖子学生。香港高校国际化的优势、巨额奖学金和就业前景对内地学生具有强大的吸引力，正在逐步改变内地高考招生格局。媒体惊呼清华大学、北京大学沦为二流高校的可能。这种可以看得到的“姑鱼效应”，搅动了大学教育的一池沉水。一批高分考生“用脚投票”，弃北大、清华而去的举动，意味着两种不同的教育制度的较量，意味着真正意义上的高校竞争开始出现。
高考改革也进人了操作过程。动因是2004年第一批进人高中新课程改革的广东、山东、海南、宁夏四省区，2007年将有首批毕业生，将实行与新课程改革相衔接的高考方案。
江苏省公布的2008年高考改革方案引发热烈争论，在于它采取了高考方案公示、公开征求意见的程序，这或许是近年来高考制度改革最重要、最令人鼓舞的进展。江苏2008年的高考方案为“3十学业水平测试＋综合素质评价”。“学业水平测试”为政治、历史、地理、物理、化学、生物、技术等7门，“综合素质评价”包括道德品质、公民素养、学习能力、交流与合作、运动与健康、审美与表现6门。
为体现素质教育的理念，新方案测试科目都增加了音乐、体育、美术、综合技术等科目，尤以江苏的测试科目最为全面丰富。为防止偏科，要求学生对文科、理科课程的全面掌握。它引起的争议是这是否会妨碍素质教育另一个重要目标，即减轻学生的课业负担。显然，这两个目标是很难两全的。
为了打破一考定终身、单纯以分取人的“应试教育”弊端，新方案在规定的考试科目之外，还有综合素质评定。考生的综合素质评定被计人电子档案，作为高校录取新生时的重要参考。江苏方案则直接把综合素质评价纳人考试科目之中。这固然用意良好，实施起来却是最难和最遭非议的。它反映了高考制度改革的最大困境：社会道德环境成为有价值的高考改革的真正制约。
（二）高等教育陷入争议风波
2006年，高等教育问题不断引发社会争论，显示由于体制改革和制度建设滞后，高等教育一些深层积弊逐渐显露，公众对教育品质的质疑和不满仍在增加，高等学校的公信力仍在下降。
2006年7月，中国科学院的外籍院士、著名华裔数学家丘成桐教授质疑北京大学引进的海外高级人才做假，引起广泛争论。丘教授指出：“北大引进的很多海外学者拿着全职的钱，但一年中大半的时间仍然在国内大学担任全职”。
事隔三周后，北京大学回应，称北大自1998年起八年来从海外引进人才约占全校教师总数的40%，有一套较为完整的机制，不存在虚领报酬的问题；并称丘成桐说法歪曲事实，严重侵害了广大海归学者和北京大学的声誉，在社会上造成极其恶劣的影响。但“北大清白门”风波却并未平息。网络上出现了北京大学从海外引进的“长江学者”34人名单，公布他们的海外任教履历，称这些教授大都是“有海外全职的”。在某网站“关于北大‘人才’造假说到底谁在撒谎”的网络调查，丘成桐得到了91.52％的正面支持。
高等学校陷入的另一风波，是“高尔夫球”之争。
2006年10月，厦门大学校长朱崇实在一论坛发言讨论精英教育时称，2006级厦门大学学生都要上高尔夫球课，对管理、法学、经济、软件学院的学生还是必修课，视培养精英是高等教育公益性的最高体现。朱崇实后声称媒体报道不准确并加以解释。上海财经大学也设置高尔夫选修课，教授称此举系为今后商务活动打基础。北京大学也有把高尔夫球列为选修课的计划，其在校园东操场修建高尔夫练习场的计划，由于社会争议太大而被叫停。对比，舆论纷纷提出质疑，认为这是一种“伪精英意识”，是对消费主义文化的迎合和对培养精英的误导。留美学人薛涌指出，在美国培养社会精英的主要途径是参加社会服务、做义工。
围绕一些大学的豪华校门，网上掀起了大学校门风波。山东省聊城大学大门总长140多米，两层楼高，造型为象征学校28年历史的28根柱子。传闻造价高达数千万元，学校则称实为300万元。网上出现了“中国高校大门造价排行榜”，南昌大学、西安文理学院等榜上有名。中国人民大学的“豪华食堂”也被曝光。该校中区食堂改建后外墙为玻璃幕墙，仅三层楼却安装了两部观光电梯，估计价值约100万元。虽然准确的数据不详，这些事件曝光了高校基建中浪费、“面子工程”和追求奢华的不良倾向。频繁发生的校园风潮，则暴露了前几年一些高校片面追求经济效益、不规范的招生和办学行为所遗留的隐患。2006年6月23日郑州大学升达经贸管理学院（独立学院）学生因毕业证书之事爆发骚乱。近年来独立学院因为文凭问题发生多次校园骚乱。7月份，湖北大学国际教育学院上百名学生无法解决学籍问题静坐示威。9月初，上海复旦大学连续两天发生上百名学生家长围堵校门的事件，起因是停办了计算机与信息技术系与一进修学校合办的“复旦大学信息学院计算机与信息技术系自考助学班”。教育部曾发文要求普通高等学校“原则上要停止高等教育自学考试社会助学脱产班的办学”。9月11日，广东省茂名市发生上千名学生的“集体退学”风波，前来茂名市中信专修学院学习的学生发现学校严重虚假宣传，受骗上当的学生集体要求退学。据了解，该校在两个月前，刚刚通过了当地教育局的年审，多项指标均为“合格”。10月下旬，由于在文凭问题上的欺骗行为被曝光，江西赣江职业技术学院、江西省服装职业技术学院发生大规模骚乱事件。这些现象严重损害了高等教育的社会信誉和社会形象，暴露了高等教育管理中一些深层次的问题。
（三）高校腐败事件和贷款黑洞
2006年11月，天津大学原校长单平因违反有关规定挪用公款炒股，造成至少3750万元以上巨额经济损失，被免除职务和全国人大代表资格。这一事件是近年来高等学校盲目扩张、管理无序、存在严重经济风险的一个信号。在高等教育扩招、出现巨大“投资饥渴”的背景下，由于财政投人和其他融资渠道有限，从1999年起，我国公办高校开始与银行合作，通过大规模贷款的方式举办高等教育。高校贷款有力地推动了我国高等教育大众化进程，但也有很多弊端，盲目借贷、铺张浪费、管理缺位、违规操作、道德风险等问题逐渐浮出水面。这些问题如得不到很好的解决，有可能给高等教育带来严重的危机。
中国社会科学院发布的《2006年：中国社会形势分析与预测》透露，2005年以前，我国公办高校向银行贷款总额达1500亿一2000亿元。这一数据仍在不断刷新。据不完全统计，目前全国公办高校银行贷款总额已达4500亿一5000亿元。不少地方高校已经负债累累。如截至2005年5月，山东省所属23所高校贷款余额75.4亿元，仅利息就需要4.3亿元，而省政府对高校投人的增量每年只有I亿元。有媒体引用业内人士的话说：“按照严格的财务核算制度，一些高校其实已经破产。’大学城建设成为高校最大的贷款黑洞。据不完全统计，我国大学城开发建设投资金额少则数亿元，多则上百亿元。如河北廊坊的东方大学城投资达50亿元，广州某大学城总投资120亿元。浙江省共有6大高教园区，总投资概算达219亿元。据浙江省政府的有关规定，所有高校的建设资金中的1/3通过自筹解决，2/3通过银行贷款解决，政府每年按贷款额给予5％的贴息补助。江苏省已经开工或计划建设的大学城达9座，是全国建设大学城最多的省份，约占全国大学城总数的17%。按每城平均容纳5万名学生的最低值估算，全省大学城可容纳45万名学生。其中，南京江宁大学城占地4万亩，计划投资40多亿元；仙林大学城占地5万亩，计划投资50亿元，主要靠各高校向银行贷款进行建设。
（四）学术道德状况令人关注
2006年5月，上海交通大学正式通报“汉芯”涉嫌造假处理意见，确认陈进在负责研制“汉芯”系列芯片过程中存在严重的造假和欺骗行为，撤销陈进上海交通大学微电子学院院长职务、教授职务任职资格，解除其教授聘用合同。
科技部已决定终止陈进负责的科研项目的执行，追缴相关经费；教育部决定撤销陈进“长江学者”称号，取消其享受政府特殊津贴的资格，追缴相应拨款；国家发展和改革委员会决定终止陈进负责的高技术产业化项目的执行，追缴相关经费。
一批被揭露的学术腐败事件得到处理。上海同济大学以不能够胜任院长行政职务为由，免去了该校生命与技术学院的“海归”院长杨杰的院长职务。杨杰被传言履历和论文存在造假问题，其被免职引起社会的关注。清华大学认定该校医学院原院长助理刘辉提供的个人履历、学术成果材料严重失实，决定撤销刘辉清华大学教授职务。安徽师范大学副校长刘登义涉嫌履历造假，安徽省政府同意其辞去副校长职务。这是学术腐败事件得到认真处理，显示了高校在正视和查处学术腐败问题上的某种进步。
此前，5月10日，教育部出台了《关于树立社会主义荣辱观进一步加强学术道德建设的意见》，指出要建立学术道德奖励和惩处制度，在评奖、晋升等过程中实行学术道德一票否决制。对于学术不端行为，要发现一起，调查一起，处理一起，曝光一起。
但学术腐败现象仍然比较严重，仍有许多被揭露的事件得不到公开、公正的处理。2006年3月，吉林大学邓正来等109名教授联名致信教育部、国务院学位委员会办公室和中国社会科学院有关领导，呼吁抵制学术腐败，驱除一些大学的“本校保护主义”，建立学术规范。海内外知识分子对此也深感忧虑。5月4日，120余名在美国和中国工作的生命科学教授和其他科技工作者，联名致信科技部、教育部、自然科学基金委员会和中国科学院，表达对科研诚信问题的严重关切，呼吁有关部门采取行动。①10月，顾海兵等31名教授致函中国社会科学院领导，对8月I日中国社科院评选出47名学部委员的学术水平和公正性提出质疑，要求公布这些学部委员的代表作。
