1.平定割据及内乱

　　1745年（乾隆十年），噶尔丹策零汗去世，准噶尔内部争权夺利，互相攻伐长达数年，严重削弱了汗国的实力。所属部众或厌战、或避乱，纷纷向东归于清王朝，为清统一西域、完成自康熙以来的未竟之业创造了条件。1755年（乾隆二十年）春，清军兵分两路，北路自乌里雅苏台西进，西路自巴里坤出击，约期会师于博罗塔拉（今博尔塔拉）。4月，两路会师；5月进占伊犁，清统一天山以北地区；8月，河睦尔撒纳因未获准成为准噶尔四部大汗发动叛乱，伊犁失守，定北将军班第以下500余众遇难。次年初，清军出兵平叛，仍以西、北两路分兵推进；3月有，会师伊犁，阿睦尔撒纳出逃俄罗斯，清军收复天山以北地区。

　　1755年5月，曾被准噶尔扣押在伊犁数十年的天山以南维吾尔人首领大和卓博罗尼都、小和卓霍集占两兄弟前来军营，表示愿率属下30余户投顺清政府。喀什噶尔巴喇特和卓也来军营归附，并表示愿率兵协助清军招抚和统一天山南路。清本拟送大和卓博罗尼都往北京朝觐，留小和卓霍集占于伊犁照管部属，清军则分兵前往天山以南驻防，但阿克苏阿奇木伯克阿不都等向清政府请求，让大、小和卓回天山以南招抚和管束维吾尔人。于是清廷决定，改派大和卓博罗尼都前往阿克苏，并组织一支由清军、归附的准噶尔部队及维吾尔人组成的混合军队随同博罗尼都前往南疆招抚和驻防。小和卓仍留伊犁。阿睦尔撒纳叛乱后，小和卓附逆。清军出兵平叛，霍集占畏惧，逃到天山南路，进而鼓动大和卓反清。1757年（乾隆二十二年）4月，霍集占自称巴图尔汗，公开反清作乱，杀害前来宣抚的清军副都统阿敏道及兵士百余人。随后，建立了政教合一的专制政权。次年初，清军出兵天山南路。9月，在当地维吾尔人民的支持下，清军兵不血刃进驻阿克苏、乌什两城。1758年（乾隆二十三年）5月，以随军的库车阿奇木伯克鄂对招抚和田。次年7月，冲破大山、小和卓的顽抗，进占叶尔羌、喀什噶尔两城。大、小和卓出逃，被巴达克山首领擒杀。天山以南遂告平定，西域统一。西域始称“西域新疆”或“新疆”，其中有“故土新归”之意。

　　清统一新疆后，通过实地调查与测绘，把西北边疆的山川地理和四界所至载入《西域图志》、《大清一统舆图》等官方图籍，确立版图，昭示中外。新疆西部沿边地区分别由伊犁将军下属驻塔尔巴哈台、伊犁、喀什噶尔三处的参赞大臣管理①。塔尔巴哈台参赞大臣治所雅尔（今乌尔扎尔，现属哈萨克坦。1767年内迁至楚呼楚，即今新疆城市），管理疆界地段自额尔齐斯河之铿格尔图喇，往西经喀尔满岭（卡尔宾山）转向西南，经爱古斯河（阿雅古斯河）至巴尔喀什湖北岸东端。伊犁参赞大臣治所惠远城（今新疆霍城县境内），所辖疆界地段自巴尔喀什湖北岸往西至吹河（又称楚河），转向西南至塔拉斯河，再转向东南过哈喇布拉岭至纳林河。喀什噶尔参赞大臣治所徕宁城（今新疆疏勒县），所辖疆界地段自纳林河往南，经噶布兰、苏提布拉克两山岭（位于古里察与鄂什之间）至阿赖岭，沿阿赖岭往南至帕米南之喷赤河上游。清政府对新疆西部疆界制定了严密的巡边制度，规定每年秋天各参赞大臣分派一支数百人的巡边部队在规定的地点会哨②。

　　2.建立军府制度

　　清政府最高决策层对统一新疆的善后经营十分关注。乾隆帝一再要求有着官员要站在“西北塞防乃国家根本”的高度，立足久

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　　①《清季外交史料》道光朝四。

　　②1919年以前阿勒泰地区尚未划入新疆。

远，妥善筹划，即所谓“伊犁既归版章，久安善后之图要焉，已定者讵宜复失”①！经过君臣上下反复商讨，决定治理新疆的大政方针是：政治上设官分职；军事上驻扎大军；经济上屯垦开发、以边养边。

　　1762年（乾隆二十七年）10月，清廷正式宣布在新疆设立总统伊犁等处将军（简称伊犁将军），上谕：“伊犁为新疆都会，现在驻兵屯田，自应设立将军，总管军务。”②伊犁将军为清政府在新疆的最高军事、行政长官，驻节伊犁惠远城，代表清廷中央总揽全疆各项军政事务。

　　作为军政合一的全疆管理体制，军府制度的职能包括军务与民政两大部分；从施政内容看，涉及政治、军事、经济、财政、人事、司法、外交各个方面；从施政方式看，军事事务多由各军政大臣直接拿管，民政事务则在军政大臣主持或监督下，交各地民政官员具体办理。伊犁将军主要职能可分七个方面：（1）统率驻军、保持武备；（2）考察民吏、定其升迁；（3）屯田置牧、组织生产；（4）核征赋税、奏调经费；（5）管理台卡、巡边守土；（6）办理王公入觐事务及藩属事务；（7）处理对俄事务。

　　同年10月，明瑞被授为首任伊犁将军。伊犁将军之下设参赞大臣（都统）、领队大臣、办事大臣等职，分驻天山南北各地，管理本地军政事务。各级军政长官的分布，根据形势和治理需要，在不同时期有所变化，到乾隆末年，新疆军政大臣建制基本定形，其结构层次如下表所示③。

　　新疆各级军政大臣的建制大体上遵循以下原则：一是官员配置北重南轻，军政重心在北疆；二是将全疆划分三大地理单元，北路伊塔地区归将军直辖，南路八城和东路乌鲁木齐地区（北疆库尔喀喇乌苏以东，南疆吐鲁番以北）分别由喀什噶尔参赞大臣和乌鲁木齐都统分别管理，听伊犁将军节制；三是视地方之要冲繁难程度，分别派驻不同别军政官员，战略要区委以都统、参赞大臣，其余各城，大者派驻办事大臣，以协办大臣辅佐，小者派驻领队大臣。

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　　①《钦定新疆识略》。《清高宗实录》。

　　②《平定准噶尔后勒铭伊犁之碑》。

　　③《钦定新疆识略》。

　　3.民政管理系统

　　清政府针对新疆的地方、民族特点，因俗施治，因地制宜，在军政长官管辖下，分别建立起三种不同的民政管理系统。

　　（1）州县制度。主要施行于北疆各地及南疆东部内地民人移居较多地区。1773年（乾隆三十八年），清政府在巴里坤置镇西府，附府建宜禾县，改乌鲁木齐为迪化州，置昌吉县，均归镇西府管辖。不久将巴里坤道移驻乌鲁木齐巩宁城，设镇迪道，升迪化为直隶州，领昌吉、阜康绥来（即玛纳斯）三县，呼图壁巡检一、济木萨尔县丞一；以镇西府治宜禾、奇台二县，吐鲁番、哈密二厅；又设库尔喀喇乌苏、精河、喀喇巴尔噶逊粮员各一，北疆州县体制至此大备。

　　清政府对镇迪道及所属州县采取双重归属体制，一方面在行政建制上就近划入甘肃省，令陕甘总督辖制；另一方面在军事体制及政务管理上命乌鲁木齐都统管理，伊犁将军节制。

　　（2）伯克制度。伯克一词本意为首领，伯克制为新疆维吾尔社会固有的政治制度。清朝统一天山南北后，对南疆各城和北疆伊犁维吾尔族聚居区因俗而治，在沿用其制的同时加以改造，使伯克制度成为清政府在当地以管理维吾尔人为主的一种基层行政体制。

　　1759年（乾隆二十四年）以后，清政府遵循乾隆帝一俟南疆平定，“仍循其旧制，各城分设头目，统于驻扎伊犁之大将军”①方针，先后任命了南疆31个城镇地区大小260余名各级伯克，“各取其名，各司其事”。据《西域图志》、《西域同文志》、《新疆回部志》等书记载，改革后被保留下来的伯克职名约有35种左右，其中主要的有15种：“曰阿奇木，总理一城；曰伊沙罕，协办阿奇木事；曰商伯克，管理租赋；曰哈子，管理刑名；曰密剌布，管理水利；曰讷克布，管理匠役；曰帕察沙布，查拿盗贼；曰茂特色布，承办经教；曰木特翰里，管理田宅；曰都宫，管理馆驿；曰巴齐格尔，管理税课；曰阿尔巴布，派差催科；曰巿珲，协办都官事，曰巴克迈塔尔，专管园林；曰明伯克，其职如千总。”②清政府为了加强中央集权，减少乃至消除可能产生的离心倾向，对伯克制度进行了改革。首先，废除伯克世袭，由朝廷任免升调；其次，选任标准强调对清政府的效忠态度，对统一战争中立有军功者，受封爵秩者优先；第三，实行回避制度，高中级伯克回避本城，下级伯克回避本庄；第四，制定品级，颁发印记，伯克品级自三品至七品不等，按品级享受规定数量的养廉地、燕齐农民（种地人）和养廉银；第五，各城伯克均统于当地驻扎大臣，各城大臣有权监督、过问乃至直接参与民政事务，决定伯克的升迁黜陟。因此，在清政府推行的伯克制度中，伯克身份已发生重大变化，从原来的贵族官僚转变为清政府的基层官吏。

　　（3）札萨克制。施行于新疆的卫拉特蒙古诸部落。1771年（乾隆三十六年），土尔扈特部在渥巴锡领导下举族东归，乾隆诏命渥巴锡所部设十札萨克，分乌讷恩素珠克图南北东西路四盟十二旗，称旧土尔扈特；舍楞所部设二札萨克，建青塞特奇勒图一盟三旗，称新土尔扈特；随渥巴锡归来的和硕特恭格所部设三札萨克，建巴图色特奇勒图中路盟三旗。旧土尔扈特十二旗与和硕特恭格部三旗游牧于喀喇沙尔、和博克萨里、库尔喀喇乌苏、精河等地，隶当地大臣兼辖，受伊犁将军节制。新土尔扈特部二旗游牧于科布多，与早年投归清廷、游牧于乌兰古木的杜尔伯特部赛音济雅哈图左右翼二旗十六盟归科布多大臣管辖。

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　　①《清高宗实录》卷571。

　　②《清高宗实录》卷593。

　　札萨克制是清政府在漠南、漠北蒙古各部广泛实行的一种因俗而治的行政管理体制。蒙古部众编旗设佐，每旗设札萨克一人总管亦即旗长，一旗或数旗合为一盟，设立盟长。札萨克可以世袭，对所辖本部事务有较充分的自由权，但必须经清廷任命，并服从理藩院的各项政令。

　　札萨克制在农业地区的哈密、吐鲁番也曾实行。1697年（康熙三十六年），清廷诏封哈密王额贝都拉为札萨克一等达尔汗，并编旗队。1732年（雍正十年），封吐鲁番回王额敏和卓为札萨克辅国公，编制旗队，均各一旗，下设管旗章京、佐领等官职。乾隆以后，仍沿旧律。不过哈密、吐鲁番札萨克的册封主要是基于这两处封建主率先投附清廷的政治态度，带有褒奖色彩。

　　4.社会经济的繁荣

　　清统一新疆后的60余年，是新疆社会稳定、经济发展的繁荣时期。这一时期，清政府在新疆采取了多种经济制度和政策，促进经济的发展。农业方面，实行屯田，包括兵屯、旗屯、犯屯、民屯和回屯；对北疆的自耕农和南疆实行休养生息的政策；兴修水利等。新疆农业取得显著成果，1782年（乾隆四十七年），仅伊犁各仓内储粮即达50多万石。因存粮过多，不得不暂时将兵屯数量减少五分之二。在畜牧业方面，清政府在天山南北广设牧厂，由驻军管理，主要服务于军事、屯田和交通。这一时期新疆农业生产发展迅速，劳动力与生产技术的投入、播种面积、粮食与经济作物产量等都超过了以往任何时期。

　　在交通运输和商业方面，清政府筑路修桥，保障新疆与各地之间的道路畅通，贸易因此快速发展。北疆和哈萨克的贸易成为新疆的主要对外贸易；内地至新疆的商路分北路和西路，常年保持通畅，内地沿海和南方的货物都可经西路或北路贩至新疆，新疆的货物也可在内地各省见到；南疆与中亚各地以及西藏等地也都保持着传统的贸易。

　　社会经济的发展促进更多的关内人民举家迁入新疆，边疆人口增长，城镇商业贸易进一步繁荣。乌鲁木齐时为“四达之区，字号店铺鳞次栉比，巿衢宽广，人民辐辏。茶寮酒肆、优伶歌童、工艺技艺之人无一不备，繁华富庶，甲于关外”①。伊犁城内“商民阛阓，民乐田畴。轮蹄懋迁。货殖平准。村落毗接，鸡犬相闻。昔年荒服之区，今悉无殊内地矣”②。但是，19世纪上半叶，随着外部条件的变化和内部社会矛盾的逐渐激化，新疆的社会动荡日益频繁。