2005年，全区城市空气质量达到优良的天数占88.6%，比2000年提高40个百分点。在监测的19个城市中，空气达标率达89.1%，有6个城市空气质量达到国家Ⅱ级标准，有6个城市达到Ⅲ级标准，7个城市超过Ⅲ级标准。其中，首府乌鲁木齐市环境空气质量优良天数比2000年提高31个百分点。
2005年，全区19个建制市的29个集中式饮用水源地，水质达标的有26个，占89.7%。
