“十五”期间，全区卫生经费投入逐年加大，医疗卫生条件得到改善，医疗卫生人员的文化素质和技术技能不断提高，医疗设备不断更新，部分医疗设备和诊治技术已达到国际先进水平。自治区人民医院正式开通与上海医科大学中心医院的远程多媒体医疗专家会诊系统，使新疆的卫生医疗事业逐步走向现代化网络的里程。

　　县、乡、村三级医疗预防保健网进一步健全。自2003年开始实施新型农牧区合作医疗试点工作以来，已有13个县（市）被确定为新型农牧区合作医疗试点县。截至2005年，13个试点县的159.12万农牧民中已有127.49万人参加了新型合作医疗，平均参合率达到80.1%，参合农牧民受益率达到79.2%。

　　2005年，全区妇幼保健机构88所，比2000年增加14所，大部分县及县以上医疗保健机构建立了“爱婴医院”，妇幼卫生技术人员2263人，增长41.7%。

　　全区疾病预防控制中心197个，社区卫生服务中心46个。