从2003年开始，国家和自治区每年投入1.9亿元，启动实施了边远贫困地区“免费义务教育”工作，农村义务教育入学率明显提高。全区已有76个县市区基本实现了九年义务教育的目标。截至2005年底，全区共有小学5209所，在校学生达214.38万人，小学适龄儿童入学率达到98.7%；初中在校生115.35万人，初中适龄儿童入学率达到87.8%。基础教育的良好发展，为奠定教育体系的整体发展起到了牢固的基石作用。
普通高中教育通过加快资源的优化配置和布局，规模不断扩大，办学效益明显提高。“十五”期间，普通高中在校生从2000年的19.86万人增加到2005年的38.8万人，每年都在以近15.0%的速度增长；高中专任教师达到2.52万人。全区分三批评出昌吉州一中等10所优质普通高中，这些自治区示范性高中促进和带动了周边地区普通高中教育的发展，推动了普通高中的改革和教育资源的共享，全面提高了教学质量和办学水平。目前，乌鲁木齐市等大中城市也在积极推进示范性高中建设。
