目前，新疆已形成以棉纺、粮油加工、制糖、酒类、优质瓜果、番茄、红花以及奶业为主导产业的产业化经营格局，涌现出新疆屯河、香梨股份、纵横股份、彩绵股份、麦趣尔集团、西域种业等一大批技术先进、实力雄厚的龙头企业。2005年，全区已有农产品加工流通企业1059家，其中国家级龙头企业24家，自治区级龙头企业120家，农业产业化组织6450个，辐射带动全区60%以上的农户。龙头企业在给农民带来实惠的同时，自身也得到快速发展，形成了“农业支持工业、工业反哺农业”的良性互动机制。
从2003年起自治区每年专门调整安排1000万元，集中用于新疆13条产业链的特色农产品基地的基础设施建设。现在巴音郭楞蒙古自治州小白杏产业化基地、吐鲁番畜牧产业化基地、哈密大枣产业化基地、乌鲁木齐市无公害蔬菜产业化基地、昌吉回族自治州食用菌产业化基地等农业产业化集群初具规模，成为带动当地农民致富的“火车头”。
