新疆作为古代东西方经济文化交流的主要通道和枢纽,自古以来就是一个多种宗教并存的地区。现在新疆主要有伊斯兰教、佛教(包括藏传佛教、汉传佛教)、道教、基督教、天主教、东正教等,萨满教在一些民族中仍然有一定的影响。维吾尔族、哈萨克族、回族、柯尔克孜族、塔吉克族、塔塔尔族、乌孜别克族、东乡族、撒拉族和保安族10个少数民族信奉伊斯兰教,信教群众约占新疆总人口的59%。蒙古族、锡伯族、达斡尔族等民族信仰佛教。
新疆充分尊重和保护各种宗教信教群众进行正常宗教活动的权利,保障宗教界人士享有充分的参政议政权利,对宗教人士实行政上团结、生活上照顾的政策,团结和依靠爱国宗教人士协助党和政府管辖宗教事务,支持爱国宗教人士依法开展工作。目前,在全疆各级人民代表大会、政治协商会议担任职务的新疆宗教界人士1731人,代表信教群众积极参政议政,并对政府贯彻宗教信仰自由政策进行监督。
截至目前,共建设各类宗教活动场所2.4万余座,其中伊斯兰教清真寺2.39万座,宗教教职人员2.90万人。1982年以来,全疆共恢复建立各级宗教团体88个(其中自治区和地、县级伊斯兰教协会79个),1987年成立了新疆伊斯兰教经学院。此外,还出版了伊斯兰教典籍和伊教经典等一批宗教书籍。