新疆冰川资源丰富，有大小冰川约1.86万条，总面积2.30万平方公里，占全国冰川面积的42%；冰川储量2.13万亿立方米，冰川年融水量198.50亿立方米。
新疆有大小河流570多条，山泉270多处，地表水资源量855.40亿立方米，地下水资源量502.60亿立方米。主要河流有伊犁河、额尔齐斯河、阿克苏河、塔里木河、叶尔羌河、和田河、开都河、渭干河、克孜河、玛纳斯河、盖孜河、孔雀河、牧克斯河、乌伦古河、喀拉喀什河、玉龙喀什河等，除额尔齐斯河流入北冰洋外，其余河流均是内陆河。塔里木河全长2437公里，是中国最长的内陆河。
新疆湖泊众多，面积大于1平方公里的湖泊139个，主要有博斯腾湖、乌伦古湖、赛里木湖、艾比湖、天池、喀纳斯湖。博斯腾湖水域面积972平方公里，是中国最大的内陆淡水湖。
新疆水能资源理论蕴藏量3355万千瓦，大约相当于西北其他四省区的总和，仅次于新疆、四川、云南，居全国第四位，可开发的水能资源854万千瓦。
